PDB-8ztp: Crystal structure of cysteine desulfurase Sufs from Mycoplasma Pn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ztp

タイトル

Crystal structure of cysteine desulfurase Sufs from Mycoplasma Pneumonia

要素

cysteine desulfurase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Sufs / Mycoplasma Pneumonia / PLP-binding / L-Cys

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine desulfurase / transaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycoplasmoides pneumoniae 19294 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wang, W.M. / Ma, D.Y. / Gong, W.J. / Yao, H. / Liu, Y.H. / Wang, H.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: The reduced interaction between SufS and SufU in Mycoplasma penetrans results in diminished sulfotransferase activity.
著者: Ma, D. / Yao, H. / Liu, Y. / Gong, W. / Zhao, Y. / Wang, R. / Wu, C. / Wang, W. / Wang, H.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ztp.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ztp.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ztp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ztp_validation.pdf.gz	981.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ztp_full_validation.pdf.gz	993.5 KB	表示
XML形式データ	8ztp_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	8ztp_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/8ztp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/8ztp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ztqC 5xt6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cysteine desulfurase

B: cysteine desulfurase

ヘテロ分子

95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.516, 91.380, 161.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cysteine desulfurase 分子量: 47541.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence of organism Mycoplasmoides pneumoniae 19294 is not available, replaced by Q8EV24 temporarily. 由来: (組換発現) Mycoplasmoides pneumoniae 19294 (バクテリア) 遺伝子: MYPE7430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EV24, cysteine desulfurase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, Jeffamine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 14190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.21 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.219 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 181486

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.26	12.5	1.015	708	0.777	0.935	0.298	1.059	0.803	100
3.26-3.31	12.5	0.886	669	0.815	0.948	0.26	0.924	0.842	100
3.31-3.38	13.6	0.761	697	0.893	0.971	0.213	0.79	0.85	100
3.38-3.45	13.5	0.7	706	0.887	0.97	0.197	0.728	0.848	100
3.45-3.52	13.5	0.613	685	0.922	0.979	0.172	0.637	0.856	100
3.52-3.6	13.4	0.53	684	0.944	0.985	0.15	0.551	0.897	100
3.6-3.69	13.2	0.46	728	0.933	0.982	0.131	0.478	0.917	100
3.69-3.79	13.2	0.4	679	0.964	0.991	0.115	0.417	1.018	100
3.79-3.91	12.3	0.356	691	0.966	0.991	0.105	0.371	1.047	100
3.91-4.03	13.1	0.298	695	0.97	0.992	0.085	0.31	1.078	100
4.03-4.18	13.3	0.266	705	0.978	0.994	0.075	0.276	1.14	100
4.18-4.34	12.6	0.216	706	0.981	0.995	0.063	0.225	1.128	100
4.34-4.54	12.9	0.203	697	0.988	0.997	0.059	0.211	1.155	100
4.54-4.78	13.4	0.189	716	0.988	0.997	0.054	0.197	1.092	100
4.78-5.08	13.2	0.172	713	0.99	0.997	0.049	0.179	1.04	100
5.08-5.47	12.5	0.164	714	0.988	0.997	0.048	0.171	1.003	100
5.47-6.02	12.4	0.156	714	0.987	0.997	0.046	0.163	0.926	100
6.02-6.89	12.2	0.141	736	0.99	0.998	0.042	0.148	0.897	100
6.89-8.67	12.5	0.109	736	0.995	0.999	0.032	0.114	0.858	100
8.67-50	10.5	0.095	811	0.995	0.999	0.03	0.099	0.733	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XT6

5xt6

解像度: 3.2→38.599 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	1401	10 %
R_work	0.2359	-	-
obs	0.2391	14003	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6284	0	30	0	6314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.541	8693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.972	3847
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3143	0.3343	128	0.289	1143	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3143-3.4469	0.3036	137	0.2716	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.6037	0.3364	138	0.265	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6037-3.7935	0.3314	140	0.2565	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7935-4.031	0.2849	139	0.2365	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
4.031-4.3418	0.239	141	0.2254	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3418-4.7781	0.2321	140	0.2188	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7781-5.4678	0.2467	141	0.2231	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4678-6.8825	0.2668	145	0.263	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8825-38.599	0.2404	152	0.205	1364	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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