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万見
- PDB-8zq3: Structure of ORP1L-RAB7A in the presence of GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zq3
タイトルStructure of ORP1L-RAB7A in the presence of GDP
要素
  • Oxysterol-binding protein-related protein 1
  • Ras-related protein Rab-7a
キーワードENDOCYTOSIS / Oxysterol binding protein (OSBP) The human OSBP-related gene/protein (ORP) family
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / sterol transfer activity ...synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / sterol transfer activity / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / negative regulation of exosomal secretion / organelle membrane contact site / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / perinuclear endoplasmic reticulum / bile acid biosynthetic process / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / cholesterol binding / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / viral release from host cell / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / bone resorption / intracellular transport / cholesterol metabolic process / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / phospholipid binding / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / lysosome / endosome / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-7a / Oxysterol-binding protein-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Lu, Q. / Zhang, J. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structure of GDP-bound Rab7 Q67L in complex with ORP1L.
著者: Lu, Q. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Xu, C.
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7a
B: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7023
ポリマ－46,2592
非ポリマー4431
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.420, 80.420, 134.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-7a


分子量: 23501.748 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A, RAB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51149, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Oxysterol-binding protein-related protein 1 / ORP-1 / OSBP-related protein 1


分子量: 22756.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSBPL1A, ORP1, OSBP8, OSBPL1, OSBPL1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXW6
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M diammonium tartrate, 20% PEG3350, 0.1 M Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: STFC Large Pixel Detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→44.72 Å / Num. obs: 17217 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.5 Å / Num. unique obs: 17217 / CC1/2: 0.824

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T91

1t91


解像度: 2.43→40.21 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 1722 10 %
Rwork0.1942 --
obs0.1978 17217 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 28 8 2551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0163512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7371549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4302-2.50170.35251390.28211251X-RAY DIFFRACTION100
2.5017-2.58240.36981420.27081271X-RAY DIFFRACTION100
2.5824-2.67470.31331380.25611244X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.78170.30821410.24761276X-RAY DIFFRACTION100
2.7817-2.90830.28681420.23961271X-RAY DIFFRACTION100
2.9083-3.06160.29591410.2291268X-RAY DIFFRACTION100
3.0616-3.25330.27441410.24591278X-RAY DIFFRACTION100
3.2533-3.50440.23131440.21281288X-RAY DIFFRACTION100
3.5044-3.85680.21971410.18741279X-RAY DIFFRACTION100
3.8568-4.41430.19511470.16361311X-RAY DIFFRACTION100
4.4143-5.55920.19941460.16881322X-RAY DIFFRACTION100
5.5592-40.210.20441600.17591436X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1518-0.31711.12022.57960.31723.93660.4934-0.7162-0.762-0.0385-0.2759-0.26870.65870.3302-0.20080.38680.0741-0.00210.7932-0.00540.6137-28.1937-2.6786-9.2705
21.9789-0.6-3.07070.19871.13759.746-0.712-0.7643-0.71250.19590.87950.56912.03351.3081-0.19060.78850.2317-0.06311.22270.10711.0294-20.5481-7.9631-3.3022
32.9340.3424-2.32428.36420.76083.23430.4842-1.53141.1181-0.91960.11271.4776-0.4383-0.662-0.43810.5877-0.2976-0.20291.1773-0.22711.017-28.43686.8308-5.1064
45.72151.510.70782.83631.28292.99010.2594-0.4411-0.544-0.011-0.1688-0.06210.2288-0.12370.00160.5774-0.02-0.02660.67710.07830.6267-36.4816-6.0571-12.7018
59.9087-2.6897-2.4693.57120.02612.74150.08831.65611.3953-0.1827-0.3046-0.09620.1501-0.120.15030.3849-0.0596-0.03380.6840.00380.6261-39.93731.3512-18.0558
64.2860.78391.68182.3141-0.90446.3143-0.32581.18980.0889-0.55960.2451-0.36790.50960.44110.05980.6452-0.09120.03860.9697-0.12610.5153-26.2336-4.818-24.9169
75.73291.6480.99947.8948-1.45038.23870.8677-0.12761.9420.15850.13041.5657-1.0856-0.3806-0.89430.6877-0.08340.19810.8167-0.07481.1475-32.16098.8505-14.5939
85.15890.66340.22924.28210.38484.04030.25920.7377-0.5211-0.4850.077-0.50580.34990.3927-0.35910.63460.0778-0.05280.6065-0.09180.6213-54.7451-13.8576-29.7069
94.2832-1.4411-0.78012.61490.23683.62060.3462-0.5733-1.1949-0.2331-0.250.44881.605-0.1526-0.1311.0444-0.1548-0.04640.60080.10680.7937-59.3223-19.0576-24.506
103.2936-0.75-1.40523.56121.52332.0447-0.1227-0.3834-0.196-0.01820.1285-0.130.2071-0.2288-0.00950.5123-0.04030.00130.54110.03550.4732-58.1116-4.9332-19.2578
113.14582.9471-2.60597.1768-0.88124.39920.06840.61650.15820.19930.18540.1403-0.5888-0.5428-0.23090.3941-0.0654-0.05840.6630.02930.5846-65.25213.9808-22.5067
123.1507-2.0399-0.79424.63-2.69094.2640.1647-0.7344-0.35040.7852-0.02190.3477-0.4307-0.2318-0.08190.53010.0441-0.01780.6753-0.00650.4971-63.50941.5659-9.8847
138.69315.4164-4.67577.7813-2.2756.64621.1327-0.5598-0.00691.4813-0.3996-0.0679-0.62530.1059-0.76750.56460.0141-0.0490.44190.0320.4204-74.03315.2203-9.0546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 162 through 180 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 29 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 30 through 43 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 44 through 93 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 94 through 102 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 103 through 123 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 148 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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