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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zpj | ||||||
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タイトル | EcGK bundle at APO state. | ||||||
要素 | Glutamate 5-kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Proline biosynthesis / amino acid kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proline binding / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, T. / Leng, Q. / Liu, L.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: EcGPR tetramer with catalytic intermediates 著者: Zhang, T. / Leng, Q. / Liu, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zpj.cif.gz | 636.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zpj.ent.gz | 428.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zpj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/8zpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/8zpj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 60346MC 8zriC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39103.457 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: proB, b0242, JW0232 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P0A7B5, glutamate 5-kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EcGK at APO state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Rosetta |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 85.85 ° / 軸方向距離/サブユニット: 21 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 512330 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |