[日本語] English
万見
- EMDB-60295: EcGPR tetramer with catalytic intermediates -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60295
タイトルEcGPR tetramer with catalytic intermediates
マップデータ
試料
  • 複合体: EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, glutamate, and NAPDH.
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-glutamyl phosphate reductase
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-phosphonooxy-pentanoic acid
  • リガンド: water
キーワードOxidoreductase / Proline biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / NADP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamyl phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Zhang T / Leng Q / Liu LJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EcGPR tetramer with catalytic intermediates
著者: Zhang T / Leng Q / Liu LJ
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60295.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.105381966 - 0.21923885
平均 (標準偏差)0.00044774744 (±0.008185262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 233.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_60295_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local filtered map.

ファイルemd_60295_additional_1.map
注釈Local filtered map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60295_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60295_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, gluta...

全体名称: EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, glutamate, and NAPDH.
要素
  • 複合体: EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, glutamate, and NAPDH.
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-glutamyl phosphate reductase
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-phosphonooxy-pentanoic acid
  • リガンド: water

-
超分子 #1: EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, gluta...

超分子名称: EcGPR incubated with upstream enzyme GK and substrates ATP, glutamate, and NAPDH.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

-
分子 #1: Gamma-glutamyl phosphate reductase

分子名称: Gamma-glutamyl phosphate reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: EcGPR with C-terminal 6-His tag. / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 45.509812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLEQMGIAAK QASYKLAQLS SREKNRVLEK IADELEAQSE IILNANAQDV ADARANGLSE AMLDRLALTP ARLKGIADDV RQVCNLADP VGQVIDGGVL DSGLRLERRR VPLGVIGVIY EARPNVTVDV ASLCLKTGNA VILRGGKETC RTNAATVAVI Q DALKSCGL ...文字列:
MLEQMGIAAK QASYKLAQLS SREKNRVLEK IADELEAQSE IILNANAQDV ADARANGLSE AMLDRLALTP ARLKGIADDV RQVCNLADP VGQVIDGGVL DSGLRLERRR VPLGVIGVIY EARPNVTVDV ASLCLKTGNA VILRGGKETC RTNAATVAVI Q DALKSCGL PAGAVQAIDN PDRALVSEML RMDKYIDMLI PRGGAGLHKL CREQSTIPVI TGGIGVCHIY VDESVEIAEA LK VIVNAKT QRPSTCNTVE TLLVNKNIAD SFLPALSKQM AESGVTLHAD AAALAQLQAG PAKVVAVKAE EYDDEFLSLD LNV KIVSDL DDAIAHIREH GTQHSDAILT RDMRNAQRFV NEVDSSAVYV NASTRFTDGG QFGLGAEVAV STQKLHARGP MGLE ALTTY KWIGIGDYTI RAHHHHHH

UniProtKB: Gamma-glutamyl phosphate reductase

-
分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

-
分子 #3: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

-
分子 #4: (2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-phosphonooxy-pentanoic acid

分子名称: (2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-phosphonooxy-pentanoic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / 詳細: EcGPR with C-terminal 6-His tag. / コピー数: 4 / 式: VHF
分子量理論値: 227.109 Da
Chemical component information

ChemComp-VHF:
(2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-phosphonooxy-pentanoic acid / γ-グルタミルりん酸

-
分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 185467
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る