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- PDB-8zph: SFX reaction state structure (40-60min) of alanine racemase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zph
タイトルSFX reaction state structure (40-60min) of alanine racemase
要素Alanine racemase 2
キーワードISOMERASE / Enzyme / substrate complex / peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alanine racemase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, J. / Nam, K.H. / Cho, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C301335711 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Exploring the reaction dynamics of alanine racemase using serial femtosecond crystallography.
著者: Kim, J. / Park, J. / Lee, K. / Chung, W.K. / Nam, K.H. / Cho, Y.
履歴
登録2024年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase 2
B: Alanine racemase 2
C: Alanine racemase 2
D: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,79814
ポリマ－176,4894
非ポリマー1,30910
水1,42379
1
A: Alanine racemase 2
B: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8997
ポリマ－88,2452
非ポリマー6545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
2
C: Alanine racemase 2
D: Alanine racemase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8997
ポリマ－88,2452
非ポリマー6545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.200, 112.900, 91.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alanine racemase 2


分子量: 44122.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: alr2, yncD, BSU17640 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P94494, alanine racemase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-Cl (pH 8.5), 0.25 M MgCl2, and 25% Peg 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→67.32 Å / Num. obs: 146722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 463 % / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.99 / R split: 0.21 / Net I/σ(I): 5.04
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 20700 / CC1/2: 0.26 / CC star: 0.43 / R split: 1.8
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
MxDCデータ収集
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q72

6q72


解像度: 2.3→67.32 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1028 0.7 %
Rwork0.201 --
obs0.2014 146722 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→67.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12036 0 76 79 12191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04216640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1161690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.3911420.346520722X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.570.36711560.31820664X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.770.40451460.298520847X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.050.31331420.266120877X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.490.2981420.212920914X-RAY DIFFRACTION100
3.49-4.40.23461480.168320839X-RAY DIFFRACTION100
4.4-67.320.17771520.14820831X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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