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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zow | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Metyltetraprole / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / midbrain development / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hippocampus development / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y.X. / Sun, J.Y. / Cui, G.R. / Yang, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM Structures Reveal the Unique Binding Modes of Metyltetraprole in Yeast and Porcine Cytochrome Complex Enabling Rational Design of Inhibitors. 著者: Yu-Xia Wang / Ying Ye / Zhi-Wen Li / Guang-Rui Cui / Xing-Xing Shi / Ying Dong / Jia-Jia Jiang / Jia-Yue Sun / Ze-Wei Guan / Nan Zhang / Qiong-You Wu / Fan Wang / Xiao-Lei Zhu / Guang-Fu Yang / 要旨: Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats ...Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats the G143A mutated isolate, which confers high resistance to strobilurin fungicides such as pyraclostrobin (PYR). The binding mode and antiresistance mechanism of MET remain unclear. Here, we determined the high-resolution structures of inhibitor-bound complex III (MET, 2.52 Å; PYR, 2.42 Å) and inhibitor-bound porcine complex III (MET, 2.53 Å; PYR, 2,37 Å) by cryo-electron microscopy. The distinct binding modes of MET and PYR were observed for the first time. Notably, the MET exhibited different binding modes in the two species. In , the binding site of MET was the same as PYR, serving as a -type inhibitor of the Q site. However, in porcine, MET acted as a dual-target inhibitor of both Q and Q. Based on the structural insights, a novel inhibitor (YF23694) was discovered and demonstrated excellent fungicidal activity against downy mildew and powdery mildew fungi. This work provides a new starting point for the design of the next generation of inhibitors to overcome the resistance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zow.cif.gz | 750.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zow.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8zow.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zow_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zow_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8zow_validation.xml.gz | 113.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zow_validation.cif.gz | 173.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/8zow | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 60320MC 8yhqC 8yinC 8zmtC 8zosC 8zp0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AaBbIi
#1: タンパク質 | 分子量: 42709.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1HBG9 #2: タンパク質 | 分子量: 27373.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UNI7 #9: タンパク質 | 分子量: 7152.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1J3N6 |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 CcDdEeFfGgHhJjKk
#3: タンパク質 | 分子量: 21610.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase #4: タンパク質 | 分子量: 49270.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0PK14 #5: タンパク質 | 分子量: 44616.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V0F2 #6: タンパク質 | 分子量: 7592.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S3W0 #7: タンパク質 | 分子量: 13043.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZPR8 #8: タンパク質 | 分子量: 9408.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UYT9 #10: タンパク質 | 分子量: 6058.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SDI2 #11: タンパク質 | 分子量: 5790.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480EHC1, quinol-cytochrome-c reductase |
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-非ポリマー , 6種, 16分子
#12: 化合物 | ChemComp-A1D6P / 分子量: 396.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #13: 化合物 | ChemComp-HEM / #14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49.72 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 411418 / 対称性のタイプ: POINT |