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- PDB-8zmq: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zmq
タイトルCrystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in complex with the inhibitor Y13190
要素BRD4_HUMAN
キーワードPROTEIN BINDING / BRD4 / BD2 / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, J. / Hu, Q. / Xu, H. / Zhao, X. / Zhang, C. / Zhu, R. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81673357 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2024
タイトル: Discovery of the First BRD4 Second Bromodomain (BD2)-Selective Inhibitors.
著者: Li, J. / Hu, Q. / Zhu, R. / Dong, R. / Shen, H. / Hu, J. / Zhang, C. / Zhang, X. / Xu, T. / Xiang, Q. / Zhang, Y. / Lin, B. / Zhao, L. / Wu, X. / Xu, Y.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BRD4_HUMAN
B: BRD4_HUMAN
C: BRD4_HUMAN
D: BRD4_HUMAN
E: BRD4_HUMAN
F: BRD4_HUMAN
G: BRD4_HUMAN
H: BRD4_HUMAN
I: BRD4_HUMAN
J: BRD4_HUMAN
K: BRD4_HUMAN
L: BRD4_HUMAN
M: BRD4_HUMAN
N: BRD4_HUMAN
O: BRD4_HUMAN
P: BRD4_HUMAN
Q: BRD4_HUMAN
R: BRD4_HUMAN
S: BRD4_HUMAN
T: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,75046
ポリマ-342,27220
非ポリマー13,47926
2,216123
1
A: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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非ポリマー7282
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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非ポリマー8063
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
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非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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5
E: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
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タイプ名称対称操作
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6
F: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
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非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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7
G: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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8
H: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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9
I: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
10
J: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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11
K: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
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12
L: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8553
ポリマ-17,1141
非ポリマー7422
181
タイプ名称対称操作
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13
M: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8423
ポリマ-17,1141
非ポリマー7282
181
タイプ名称対称操作
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14
N: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8423
ポリマ-17,1141
非ポリマー7282
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
15
O: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
16
P: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
0
タイプ名称対称操作
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17
Q: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
18
R: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
0
タイプ名称対称操作
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19
S: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
20
T: BRD4_HUMAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7632
ポリマ-17,1141
非ポリマー6501
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.913, 125.108, 300.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
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NCSアンサンブル:
ID
1
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190

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要素

#1: タンパク質
BRD4_HUMAN / Protein HUNK1 / Bromodomain-containing protein 4


分子量: 17113.584 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BRD4_HUMAN, O60885, sequence from 308-331 are tags. EGDIHMKKGHHHHHHENLYFQGGS
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物
ChemComp-A1L12 / 2-(2-(adamantan-1-yl)-4-ethyl-1H-imidazol-5-yl)-7-(2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl)-5-methylfuro[3,2-c]pyridin-4(5H)-one


分子量: 649.793 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : C40H44FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01 M Iron(III) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 10% v/v Jeffamine M-600

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→300.35 Å / Num. obs: 217025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 1479344
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.487 / Num. measured all: 71440 / Num. unique obs: 10729 / CC1/2: 0.286 / Rpim(I) all: 1.04 / Rrim(I) all: 2.7 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IVX
解像度: 2.2→300.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.695 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27444 10956 5.1 %RANDOM
Rwork0.25628 ---
obs0.2572 205956 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---4.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→300.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17934 0 986 123 19043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
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obs--99.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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