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- PDB-8zmq: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8zmq | ||||||
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Title | Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in complex with the inhibitor Y13190 | ||||||
![]() | BRD4_HUMAN | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / BRD4 / BD2 / Bromodomain | ||||||
Function / homology | ![]() RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Hu, Q. / Xu, H. / Zhao, X. / Zhang, C. / Zhu, R. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery of the First BRD4 Second Bromodomain (BD2)-Selective Inhibitors. Authors: Li, J. / Hu, Q. / Zhu, R. / Dong, R. / Shen, H. / Hu, J. / Zhang, C. / Zhang, X. / Xu, T. / Xiang, Q. / Zhang, Y. / Lin, B. / Zhao, L. / Wu, X. / Xu, Y. | ||||||
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Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8z69C ![]() 8zm8C ![]() 8zmbC ![]() 6ivxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 17113.584 Da / Num. of mol.: 20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: BRD4_HUMAN, O60885, sequence from 308-331 are tags. EGDIHMKKGHHHHHHENLYFQGGS Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1L12 / Mass: 649.793 Da / Num. of mol.: 20 / Source method: obtained synthetically / Formula: C40H44FN3O4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.01 M Iron(III) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 10% v/v Jeffamine M-600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→300.35 Å / Num. obs: 217025 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 1479344 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.487 / Num. measured all: 71440 / Num. unique obs: 10729 / CC1/2: 0.286 / Rpim(I) all: 1.04 / Rrim(I) all: 2.7 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6IVX Resolution: 2.2→300.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.695 / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.187 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.457 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.2→300.35 Å
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Refine LS restraints |
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