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- PDB-8zmf: Crystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug deriva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zmf
タイトルCrystal structure of an inverse agonist antipsychotic drug derivative-bound 5-HT2C
要素5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / class A G protein-coupled receptor / inverse agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / regulation of appetite / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of nervous system process / Serotonin receptors / serotonin receptor activity ...regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / regulation of appetite / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of nervous system process / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / feeding behavior / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of fat cell differentiation / behavioral fear response / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of calcium-mediated signaling / locomotory behavior / electron transport chain / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / synapse / heme binding / dendrite / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2C receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Oguma, T. / Asada, H. / Sekiguchi, Y. / Imono, M. / Iwata, S. / Kusakabe, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KK0099 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Dual 5-HT 2A and 5-HT 2C Receptor Inverse Agonist That Affords In Vivo Antipsychotic Efficacy with Minimal hERG Inhibition for the Treatment of Dementia-Related Psychosis.
著者: Oguma, T. / Jino, K. / Nakahara, K. / Asada, H. / Fuchino, K. / Nagatani, K. / Kouki, K. / Okamoto, R. / Takai, N. / Koda, K. / Fujita, S. / Sekiguchi, Y. / Yasuo, K. / Mayumi, K. / Abe, A. / ...著者: Oguma, T. / Jino, K. / Nakahara, K. / Asada, H. / Fuchino, K. / Nagatani, K. / Kouki, K. / Okamoto, R. / Takai, N. / Koda, K. / Fujita, S. / Sekiguchi, Y. / Yasuo, K. / Mayumi, K. / Abe, A. / Imono, M. / Horiguchi, N. / Iwata, S. / Kusakabe, K.I.
履歴
登録2024年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2242
ポリマ－49,7701
非ポリマー4541
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.840, 96.010, 149.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562 / 5-HT-2C / 5-HT2C / 5-HTR2C / 5-hydroxytryptamine receptor 1C / 5-HT-1C / 5-HT1C / Serotonin ...5-HT-2C / 5-HT2C / 5-HTR2C / 5-hydroxytryptamine receptor 1C / 5-HT-1C / 5-HT1C / Serotonin receptor 2C / Cytochrome b-562


分子量: 49770.340 Da / 分子数: 1 / 変異: M29W,H124I,R128L,C360N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the 243-300 aa region (ICL3) of 5-HT2c was replaced by imBRIL.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2C, HTR1C, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28335, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-A1L10 / 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1-[(8~{S})-5-methyl-5-azaspiro[2.5]octan-8-yl]-3-[[4-(2-methylpropoxy)phenyl]methyl]urea


分子量: 453.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 18-24% PEG300, 40-60 mM ammonium phosphate dibasic / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.07 Å / Num. obs: 7692 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 38 % / Biso Wilson estimate: 73.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.1738 / Net I/σ(I): 7.17
反射 シェル解像度: 3.6→3.83 Å / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.7097

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BQH

6bqh


解像度: 3.6→49.07 Å / SU ML: 0.5331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8439
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 780 10.15 %
Rwork0.2627 6904 -
obs0.2651 7684 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 33 0 2685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71313733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1291992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.830.33651260.30161128X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.120.27161220.26571141X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.530.28961360.2241115X-RAY DIFFRACTION100
4.54-5.190.26561260.26291143X-RAY DIFFRACTION99.76
5.19-6.530.34591310.29161166X-RAY DIFFRACTION99.92
6.54-49.070.25031390.25551211X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.453767455441.953489070192.366758509796.506720020983.367564807012.386760755790.03900434763210.5603460144510.254030066421-0.1640933507710.329045275869-0.06037528534330.146266426362-0.01692762363590.01045340150090.358791171034-0.1416485967550.01792678760650.5795492858030.01751896168870.43281153871631.396212101545.359881279146.1612707488
22.05568955357-0.713678106289-0.03030877137212.18061847155-0.1893006957492.321195563390.07509424601830.534782441741-0.0650136187664-0.486290922749-0.0524774735673-0.1282951105060.3015914583620.192590793093-0.02617136416150.545080227927-0.164967198256-0.008342244805840.540280463936-0.02167208178610.48200126258638.417948907528.134130187844.1698476121
32.41070773619-0.468986563088-2.728342709487.9353528736-5.536131182727.78083255340.106660647413-0.335476582259-0.215970804196-1.36583569891-0.4294975380640.934939263443-0.6734363434640.634942620202-0.1951232229021.264253316590.0213982508318-0.330632324622.27398424532-0.398137337020.79579487773157.573620486927.74378014653.23861878475
43.3276516032-0.783494503185-1.115520199582.198340310820.2042675348784.865627166270.1094619836620.72562295998-0.218133743822-0.238174189698-0.135810150941-0.0348534913533-0.2170688046020.313990551627-0.2581722076890.437135665502-0.2327690911160.06421851312770.597292179471-0.03577356687540.42127153431343.944296461436.933500300541.3597235452
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 47 through 86 )47 - 861 - 40
22chain 'A' and (resid 87 through 1016 )87 - 101641 - 211
33chain 'A' and (resid 1017 through 1098 )1017 - 1098212 - 236
44chain 'A' and (resid 1099 through 387 )1099 - 387237 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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