PDB-8zmc: Dengue 3 NS5 methyltransferase bound to S-Adenosyl-L-homocysteine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zmc

タイトル

Dengue 3 NS5 methyltransferase bound to S-Adenosyl-L-homocysteine and Herbacetin

要素

Dengue 3 NS5 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Dengue virus 3 NS5 Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Bhutkar, M. / Verma, S. / Tomar, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dengue 3 NS5 methyltransferase bound to S-Adenosyl-L-homocysteine and Herbacetin
著者: Bhutkar, M. / Verma, S. / Tomar, S. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年5月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zmc.cif.gz	263.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zmc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zmc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zmc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8zmc_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	8zmc_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r8rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (41) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: Dengue 3 NS5 methyltransferase

B: Dengue 3 NS5 methyltransferase

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dengue 3 NS5 methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dengue 3 NS5 methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.877, 59.966, 185.044
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 7 - 262 / Label seq-ID: 26 - 281

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Dengue 3 NS5 methyltransferase / Genome polyprotein 分子量: 32049.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1KBQ3, EC: 2.1.1.358
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-A1L1Z / Herbacetin / 2-(4-hydroxyphenyl)-3,5,7,8-tetrakis(oxidanyl)chromen-4-one 分子量: 302.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 8000 100 mM Tris 200 mM NaCl 20 mM Trisodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→24.892 Å / Num. obs: 20387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 20387 / CC_1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R8R

4r8r

解像度: 2.8→24.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.858 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.809 / SU B: 42 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.473 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3025	707	4.847 %
R_work	0.2589	13879	-
all	0.261	-	-
obs	-	14586	99.679 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.265 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.401 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4078	0	104	0	4182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.047	0.1	70325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.862	5757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.429	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.285	5.789	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.006	10	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.934	10	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.592	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.45	2.116	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.454	3.799	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.182	2.33	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.454	4.182	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.869	46.959	71342

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev B_iso : 6.97333 Å² / Rms dev position: 0.11997 Å / Weight B_iso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-ID
1
2

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.872	0.351	49	0.345	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-2.949	0.393	41	0.321	965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.949-3.034	0.352	59	0.312	950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.034-3.126	0.311	40	0.299	909	X-RAY DIFFRACTION	99.8947
3.126-3.226	0.343	39	0.288	893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.338	0.338	46	0.292	880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.338-3.461	0.393	52	0.278	811	X-RAY DIFFRACTION	99.8843
3.461-3.6	0.332	47	0.27	815	X-RAY DIFFRACTION	99.8841
3.6-3.756	0.26	48	0.252	765	X-RAY DIFFRACTION	99.8772
3.756-3.935	0.258	34	0.237	761	X-RAY DIFFRACTION	99.7491
3.935-4.142	0.294	37	0.237	697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.142-4.386	0.247	32	0.234	683	X-RAY DIFFRACTION	99.8603
4.386-4.678	0.261	36	0.23	645	X-RAY DIFFRACTION	99.2711
4.678-5.038	0.256	28	0.223	599	X-RAY DIFFRACTION	99.8408
5.038-5.497	0.281	27	0.249	555	X-RAY DIFFRACTION	99.4872
5.497-6.108	0.301	27	0.274	512	X-RAY DIFFRACTION	100
6.108-6.984	0.253	25	0.245	456	X-RAY DIFFRACTION	100
6.984-8.39	0.293	14	0.2	417	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.229	17	0.172	328	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5113	-0.0706	-0.2199	1.2429	0.0234	0.4001	0.0201	0.0357	-0.0368	-0.0514	0.0245	-0.0221	0.0049	0.0277	-0.0446	0.0797	0.011	0.0801	0.1008	0.0022	0.1565	1.6335	-9.8133	41.6425
2	1.8562	0.1649	0.3912	1.3304	-1.0998	1.1328	-0.0996	0.1368	0.0458	-0.0129	0.1266	0.0424	0.0688	-0.0567	-0.027	0.1547	-0.0255	0.0423	0.1559	0.0077	0.0364	11.6449	16.0584	13.0185

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)