PDB-8zm7: Engineering omega-amine transaminase for extending substrate scop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zm7

タイトル

Engineering omega-amine transaminase for extending substrate scope by ancestral sequence reconstruction

要素

Amine transaminase

キーワード

TRANSFERASE / homotetramer / PLP-dependent enzyme

機能・相同性

(2S)-2-hydroxybutanedioic acid

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Huang, J. / Li, N. / Cai, T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Engineering omega-amine transaminase for extending substrate scope by ancestral sequence reconstruction
著者: Huang, J. / Li, N. / Cai, T.

履歴

登録	2024年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zm7.cif.gz	554.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zm7.ent.gz	458.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/8zm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amine transaminase

B: Amine transaminase

C: Amine transaminase

D: Amine transaminase

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.904, 169.904, 245.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-693- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Amine transaminase 分子量: 36630.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: branched-chain-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 6種, 910分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris-Hcl pH 7.5 1.5M (NH4)2SO4 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.69 Å / Num. obs: 92583 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 49.69 % / B_iso Wilson estimate: 34.52 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 92583 / CC_1/2: 0.999 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PHASER	CCP4 PROGRAM SUITE: 2.8.3 Phaser	位相決定
XDS	Jan 10, 2022	データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.69 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	4520	4.88 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1733	92573	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10039	0	199	853	11091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.46	14150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.304	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.2602	148	0.2067	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.35	0.2685	164	0.1997	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2186	127	0.1981	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.2164	144	0.2011	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.2586	170	0.1916	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2227	150	0.2063	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2826	141	0.2262	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.2595	132	0.2237	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2481	161	0.2245	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.2672	130	0.2144	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2643	143	0.2093	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.2642	143	0.1984	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.2579	144	0.1887	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.236	158	0.1943	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2391	166	0.1954	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.2217	153	0.1978	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.2256	139	0.1939	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.2332	160	0.1986	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.2226	157	0.1931	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.2238	158	0.1866	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.44	0.2205	156	0.1677	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.57	0.2122	143	0.1661	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.74	0.1693	149	0.1529	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.93	0.1827	150	0.1461	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.18	0.1818	159	0.1396	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.1559	164	0.1249	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1741	155	0.1321	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.67	0.1498	137	0.1482	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.14	0.2014	137	0.1781	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
7.14-49.69	0.1637	182	0.1666	3216	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -49.5457 Å / Origin y: 68.5529 Å / Origin z: 12.4159 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1668 Å²	0.0189 Å²	0.0006 Å²	-	0.4372 Å²	0.0186 Å²	-	-	0.2611 Å²
L	0.6785 °²	-0.3453 °²	0.2639 °²	-	0.5163 °²	-0.2101 °²	-	-	0.4203 °²
S	-0.1414 Å °	-0.3222 Å °	0.0048 Å °	0.0779 Å °	0.2173 Å °	0.0472 Å °	-0.0715 Å °	-0.1897 Å °	-0.0484 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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