PDB-8zk8: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zk8

タイトル

Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L in complex with indole-3-pyruvic acid

要素

Indolepyruvate decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

indolepyruvate decarboxylase activity / auxin biosynthetic process / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Decarboxylase KDC4427 mutant E468L in complex with indole-3-pyruvic acid
著者: Dong, S. / Liu, L. / Zhang, H.

履歴

登録	2024年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zk8.cif.gz	433.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zk8.ent.gz	351.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zk9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indolepyruvate decarboxylase

B: Indolepyruvate decarboxylase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.871, 136.857, 77.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Indolepyruvate decarboxylase / KDC4427 分子量: 61941.367 Da / 分子数: 2 / 変異: E468L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. CGMCC 5087 (バクテリア) 遺伝子: ipdC, DEO48_12930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3EYQ2
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-3IO / 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-OXOPROPANOIC ACID / インド-ル-3-ピルビン酸分子量: 203.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium MES, pH 6.0, 13% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→136.86 Å / Num. obs: 67251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.19 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 429270
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.005 / Num. measured all: 30991 / Num. unique obs: 4918 / CC_1/2: 0.874 / R_pim(I) all: 0.435 / R_rim(I) all: 1.097 / Χ²: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→19.98 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	3271	4.88 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1838	66964	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8228	0	84	451	8763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8506
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	11598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.153	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.19	0.3655	156	0.2971	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.373	141	0.2788	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.3406	116	0.2702	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.3019	124	0.2475	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2878	140	0.2385	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.3078	143	0.2317	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2703	158	0.2274	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.2758	142	0.2218	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2525	130	0.2075	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.61	0.2495	134	0.1986	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.68	0.2844	142	0.1891	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.76	0.2548	139	0.1971	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.85	0.2352	145	0.1811	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.95	0.2341	137	0.1849	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.07	0.204	147	0.1737	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.21	0.2555	130	0.1728	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.38	0.2015	146	0.1581	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.59	0.2029	169	0.1575	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.86	0.1867	142	0.1498	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.25	0.1602	150	0.1476	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.85	0.1634	139	0.1401	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-6.09	0.1995	154	0.1738	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
6.09-19.98	0.1798	147	0.1774	2966	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1443	0.1848	-0.1728	1.4075	-0.066	1.0012	0.0187	-0.1644	-0.1535	0.1941	-0.0786	-0.1366	0.0672	0.146	0.0762	0.2142	-0.012	-0.0258	0.2255	0.0351	0.3597	18.8034	6.7301	20.3929
2	0.9071	0.9563	1.1192	1.0512	1.4574	2.7905	-0.011	-0.0525	-0.2237	0.2718	-0.0254	-0.3088	0.3956	0.1961	0.0205	0.2899	0.0135	-0.0681	0.2464	0.0762	0.5242	22.7606	-5.9031	17.8692
3	1.0229	-0.0758	-0.2056	2.4092	-0.0385	0.9222	-0.0322	0.0705	-0.1522	-0.3112	-0.0218	-0.3469	0.0112	0.0732	0.0662	0.2615	0.0137	0.0923	0.2473	-0.028	0.4843	27.5198	-3.7809	-13.5526
4	2.6202	-0.4004	0.842	5.9949	0.0799	1.2646	-0.0259	0.2057	-0.077	-0.6669	0.0516	-0.3186	0.1019	0.1939	0.0088	0.2499	-0.0411	0.0781	0.2645	-0.0007	0.43	33.7461	16.9337	-10.6117
5	1.735	0.0162	0.4462	1.0116	-0.2935	1.1993	-0.0146	0.1015	0.1068	-0.0278	-0.0201	-0.2045	-0.1586	0.1202	0.034	0.249	-0.0221	0.0234	0.2168	0.0196	0.4173	24.3929	23.0152	2.1888
6	1.2238	0.1718	0.0871	1.8837	0.9336	3.8992	-0.0318	0.0897	0.2148	-0.1772	0.056	-0.3486	-0.1793	0.4145	-0.0624	0.2703	-0.0366	0.0621	0.2234	0.0378	0.5432	29.8137	30.1801	-2.1387
7	0.7024	0.1199	-0.0771	1.3497	0.0758	0.7328	0.0064	0.053	0.0735	-0.0576	-0.0122	0.1549	-0.0504	-0.1059	0.006	0.2106	0.0106	-0.0033	0.2224	0.0127	0.4277	0.3993	19.8797	3.292
8	0.7557	0.7348	0.2535	1.6622	-0.929	2.8497	0.0404	0.0028	0.1771	0.0549	0.0362	0.4316	-0.0651	-0.4214	-0.1183	0.192	0.0231	-0.0208	0.234	0.0128	0.499	-12.9234	19.5891	5.8501
9	2.1193	0.7548	-0.3693	1.2686	0.0863	1.1358	0.1622	-0.524	0.4248	0.4279	-0.2116	0.4478	-0.1512	-0.0431	0.0342	0.4132	-0.0522	0.1681	0.3797	-0.1313	0.5153	-11.1278	24.4251	37.5336
10	5.9715	2.0323	-0.6009	1.1887	0.0829	0.1924	0.2578	-1.228	0.7537	0.4953	-0.3712	0.6678	-0.2376	-0.1027	0.0029	0.5781	-0.0852	0.1575	0.5054	-0.2083	0.8145	-5.7574	34.0036	38.2773
11	1.1015	0.3931	0.2546	1.2186	0.069	1.2615	0.0885	-0.1461	0.2122	0.2056	-0.0902	0.0557	-0.1304	-0.0112	0.0169	0.2404	-0.0464	0.0199	0.2052	-0.0585	0.3423	11.2553	32.1384	23.9658
12	2.0833	0.3802	-0.9855	0.8967	1.1917	3.2533	0.08	-0.1975	0.3877	-0.0293	-0.0305	-0.2391	-0.4579	0.0127	-0.1308	0.279	-0.0739	-0.029	0.2247	-0.0098	0.5574	23.3453	39.1769	18.0223
13	3.2245	-0.7203	0.3737	1.3791	0.1343	3.7265	0.0717	-0.561	0.3322	0.2893	0.0102	-0.1073	-0.1014	0.0537	-0.0125	0.3499	-0.0751	0.0132	0.3192	-0.1231	0.4009	16.0034	37.1622	31.2272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 144 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 145 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 338 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 339 through 403 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 404 through 479 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 480 through 548 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 192 through 323 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 324 through 370 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 371 through 479 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 480 through 506 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 507 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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