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- PDB-8zjv: Crystal Structure of the ERK2 complexed with 5-Iodotubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zjv
タイトルCrystal Structure of the ERK2 complexed with 5-Iodotubercidin
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / MAPK1 (ERK2) activation / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / MAP kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / phosphatase binding / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / Negative regulation of FGFR3 signaling / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / thymus development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Signal transduction by L1 / Spry regulation of FGF signaling / response to nicotine / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Oncogene Induced Senescence / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Negative regulation of MAPK pathway / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / chemotaxis
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, Y. / Fu, L. / Chen, R. / Cheng, H. / Sun, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the ERK2 complexed with 5-Iodotubercidin
著者: Yang, Y. / Fu, L. / Chen, R. / Cheng, H. / Sun, X.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,75710
ポリマ－40,7591
非ポリマー9989
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,51420
ポリマ－81,5182
非ポリマー1,99618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area5610 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area31480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.979, 96.979, 95.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-409-

CL

21A-600-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 40758.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 313分子

#2: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v Polyethylene Glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.52 Å / Num. obs: 48367 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1282 / Net I/σ(I): 16.67
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 2.026 / Num. unique obs: 4796 / CC1/2: 0.685 / CC star: 0.902 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AX3

5ax3


解像度: 1.8→41.52 Å / SU ML: 0.2029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4819
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 2417 5 %
Rwork0.19 45938 -
obs0.1915 48355 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 53 304 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79784021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.74321110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.32111330.31262672X-RAY DIFFRACTION99.08
1.84-1.880.33141410.27092655X-RAY DIFFRACTION99.36
1.88-1.920.26871210.24332659X-RAY DIFFRACTION99.36
1.92-1.970.24741330.22182695X-RAY DIFFRACTION99.51
1.97-2.020.24781490.21922667X-RAY DIFFRACTION99.51
2.02-2.080.23371600.22632X-RAY DIFFRACTION99.29
2.08-2.150.22271400.20032676X-RAY DIFFRACTION99.68
2.15-2.220.2061730.20262670X-RAY DIFFRACTION99.61
2.23-2.310.21751090.20272699X-RAY DIFFRACTION99.82
2.31-2.420.21611480.20062697X-RAY DIFFRACTION99.82
2.42-2.550.20931330.19952705X-RAY DIFFRACTION99.86
2.55-2.710.22881310.20572722X-RAY DIFFRACTION99.93
2.71-2.920.2811400.19892721X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.210.24161910.19762662X-RAY DIFFRACTION99.96
3.21-3.670.20911620.17362740X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.630.18031190.15312780X-RAY DIFFRACTION100
4.63-41.520.18991340.17352886X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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