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- PDB-8zj3: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zj3
タイトルTerephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 4-Hydroxybenzoate.
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
キーワードLYASE / Metal-dependent oxidative Decarboxylase / OXIDOREDUCTASE / Lyase.
機能・相同性4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / NAD binding / metal ion binding / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kumar, K.A. / Pahwa, D. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号
Department of Science & Technology (DST, India)DST/TMD/EWO/WTI/2K19/EWFH/2019/8(G) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 4-Hydroxybenzoate.
著者: Kumar, K.A. / Pahwa, D.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,86314
ポリマ-132,2364
非ポリマー62710
3,963220
1
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5909
ポリマ-66,1182
非ポリマー4727
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444-x-1,-y-1/2,z-1/21
Buried area4150 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2735
ポリマ-66,1182
非ポリマー1553
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.831, 94.332, 168.433
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A
53A
63A
74A
84A
95A
105A
116A
126A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRGLNGLN2 - 3133 - 314
211THRTHRGLNGLN2 - 3133 - 314
322METMETPROPRO1 - 3142 - 315
422METMETPROPRO1 - 3142 - 315
533METMETPROPRO1 - 3142 - 315
633METMETPROPRO1 - 3142 - 315
744THRTHRPROPRO2 - 3143 - 315
844THRTHRPROPRO2 - 3143 - 315
955THRTHRGLNGLN2 - 3133 - 314
1055THRTHRGLNGLN2 - 3133 - 314
1166METMETPROPRO1 - 3142 - 315
1266METMETPROPRO1 - 3142 - 315

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase


分子量: 33059.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
遺伝子: CtesDRAFT_PD2128 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B7WRJ7, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 230分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→26.61 Å / Num. obs: 31086 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.113 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4103 / CC1/2: 0.898 / Rrim(I) all: 0.61 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20.001 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 46.776 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.468 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 1613 5.189 %
Rwork0.2383 29473 -
all0.24 --
obs-31086 98.931 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 0.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.828 Å2-0 Å20 Å2
2--7.171 Å2-0 Å2
3----2.343 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9183 0 27 220 9430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0129347
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.80212715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5141.72221160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55251247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.192557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.353101529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.84610345
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21896
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.28435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.24429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.25114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1080.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1370.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it00.055006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other00.055006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it00.096247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other00.096248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.040.054341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.040.054342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.0560.0936468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.0560.0936469
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.940.7219666
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.7560.5749657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.454318554
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1110.058849
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1150.058815
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1010.058914
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.1190.058719
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.1160.058758
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.1140.058749
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.110750.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.110750.05008
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114810.05008
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114810.05008
35AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.101370.05008
36AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.101370.05008
47AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119120.05008
48AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119120.05008
59AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.11550.05008
510AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.11550.05008
611AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114180.05008
612AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114180.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.9-2.9740.4071000.32321540.32722540.9160.9391000.314
2.974-3.0530.3581030.31320720.31521780.9050.93599.86230.303
3.053-3.140.3991220.30819870.31321090.890.9381000.299
3.14-3.2340.327800.30819960.30920800.9230.93999.80770.299
3.234-3.3370.3121150.28218790.28419970.9320.94199.84980.278
3.337-3.4510.3291110.27818390.28119530.920.94599.84640.274
3.451-3.5770.274820.26118080.26218910.9380.95499.94710.257
3.577-3.7180.338860.26817240.27218130.9310.95299.83450.267
3.718-3.8770.276970.25216500.25317520.9460.95899.71460.251
3.877-4.0590.258820.22815810.2316710.9470.96399.52120.229
4.059-4.2690.212830.18615060.18816110.9750.97798.63440.187
4.269-4.5150.226770.19514370.19715240.9660.97199.34380.199
4.515-4.8090.22680.17813460.1814390.9730.9898.26270.185
4.809-5.1690.226830.18412570.18713550.9690.97898.8930.19
5.169-5.6250.263680.21111710.21412560.9570.97898.64650.217
5.625-6.2280.309680.21810960.22411720.9530.97599.31740.227
6.228-7.0780.24540.1929690.19510280.9760.98199.51360.199
7.078-8.4090.187570.1448290.1479110.9840.98897.25580.155
8.409-10.9630.209490.1456830.1497540.9760.98997.08220.159
10.963-20.0010.264280.2214840.2235410.980.98294.63960.231
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5034-0.1992-0.06351.46681.10882.97780.01920.09310.03490.0143-0.19620.1764-0.099-0.2090.17690.2713-0.0098-0.00770.0405-0.00520.3381-50.1259-20.981-3.7221
21.19310.30010.37990.58820.60893.181-0.0117-0.11120.12920.0189-0.11160.054-0.0516-0.08890.12330.33540.0212-0.02210.36120.03460.397-6.8239-25.5233-6.3724
31.5025-0.2205-0.73630.8191-0.40051.8824-0.0464-0.0306-0.3029-0.10540.0491-0.12410.13680.1142-0.00270.3586-0.0882-0.06940.3463-0.01850.4089-0.2917-31.593533.0978
40.956-0.1691-0.81170.93260.22242.5361-0.09850.1369-0.11570.10040.0107-0.01170.1282-0.07630.08780.31030.0019-0.04550.0222-0.01890.2998-42.1618-32.140340.4408
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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