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- PDB-8zin: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zin
タイトルTerephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 2,4-dihydroxybenzoate.
要素4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
キーワードLYASE / Metal-dependent oxidative Decarboxylase / OXIDOREDUCTASE / Lyase.
機能・相同性4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase activity / PdxA family / Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxA / NAD binding / metal ion binding / CARBON DIOXIDE / 2,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kumar, K.A. / Pahwa, D. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-2771-BIO-CNA インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Terephthalate 1,2-cis-dihydrodioldehydrogenase/Decarboxylase in complex with 2,4-dihydroxybenzoate.
著者: Kumar, K.A. / Pahwa, D.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
B: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
C: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
D: 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,79520
ポリマ－140,6374
非ポリマー1,15816
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.295, 93.632, 165.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase


分子量: 35159.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
遺伝子: CtesDRAFT_PD2128 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B7WRJ7, 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 139分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DOB / 2,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / 2,4-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / Density meas: 0.539 Mg/m3 / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.934 Å / Num. obs: 47089 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.842 / Rrim(I) all: 0.751

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→24.934 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.236 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / Average fsc free: 0.9335 / Average fsc work: 0.9506 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.338
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 2351 5.005 %
Rwork0.2526 44626 -
all0.254 --
obs-46977 99.521 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.339 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.748 Å20 Å2
3----0.409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9177 0 63 123 9363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.5-2.5640.3551560.31632210.31733860.9080.93299.73420.304
2.564-2.6340.3181920.3131280.3133210.9280.93399.96990.297
2.634-2.7090.371540.29631110.29932670.9030.93799.93880.283
2.709-2.7920.3511470.31329820.31531330.9080.93299.87230.299
2.792-2.8820.4121600.31428920.31930570.8890.9399.83640.297
2.882-2.9820.3321380.29328200.29529620.9220.94199.8650.277
2.982-3.0930.3011260.27927150.2828450.9350.94799.85940.261
3.093-3.2170.2911470.27826120.27927650.9360.94799.7830.261
3.217-3.3570.2941400.27424960.27526380.9450.95399.92420.263
3.357-3.5180.321460.27324050.27625530.9310.95299.92170.261
3.518-3.7040.2931280.2722760.27224070.9430.95499.87540.26
3.704-3.9230.2671030.24422080.24523200.9580.96499.61210.235
3.923-4.1870.271050.22820440.2321550.9530.96699.72160.215
4.187-4.5120.255950.20619340.20920400.9570.97299.46080.199
4.512-4.9260.28810.18818080.19118990.9490.97799.47340.181
4.926-5.4810.251830.20616190.20817090.9630.97499.59040.2
5.481-6.2790.299770.23414640.23815460.9520.9799.67660.228
6.279-7.5710.243700.20912540.21113310.9660.97899.47410.203
7.571-10.2450.175550.1489950.1510750.9830.98897.67440.15
10.245-24.9340.183480.2246420.227260.9810.97695.04130.218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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