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- PDB-8zit: DUF4297-HerA complex with DNA and ATPgamaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zit
タイトルDUF4297-HerA complex with DNA and ATPgamaS
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DUF4297
  • HerA
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / Complex / Nuclease / ATPase / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Yu, Y. / Chen, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: DUF4297 and HerA form abortosome to mediate bacterial immunity against phage infection.
著者: Dongmei Tang / Ting Liu / Yijun Chen / Zixuan Zhu / Hao Chen / Qiang Chen / Yamei Yu /
要旨: Immune receptors form higher-order complexes known as inflammasomes in animals and resistosomes in plants to mediate immune signaling. Here, we report a similar bacterial protein complex, DUF4297- ...Immune receptors form higher-order complexes known as inflammasomes in animals and resistosomes in plants to mediate immune signaling. Here, we report a similar bacterial protein complex, DUF4297-HerA, which induces abortive infection to mediate anti-phage immunity by coupling nuclease and ATPase activities. Therefore, we name this defense system "Hailibu" after a hunter in a popular folk tale who sacrifices himself to save his village. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) results reveal that DUF4297 and HerA assemble into a higher-order complex, reminiscent of apoptosome, inflammasome, or resistosome, which we refer to as an abortosome. By capturing cryo-EM structures of the pre-loading, DNA-loading, and DNA-transporting states during Hailibu abortosome processing of DNA, we propose that DNA substrates are loaded through the HerA hexamer, with adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis providing the energy to transport DNA substrates to the clustered DUF4297 Cap4 nuclease domains for degradation. This study demonstrates the existence of analogous multiprotein complexes in innate immunity across the kingdoms of life.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4297
B: DUF4297
C: DUF4297
D: DUF4297
E: DUF4297
F: DUF4297
G: DUF4297
H: DUF4297
I: DUF4297
J: DUF4297
K: DUF4297
L: DUF4297
M: HerA
N: HerA
O: HerA
P: HerA
Q: HerA
R: HerA
U: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
V: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)965,31532
ポリマ－962,03020
非ポリマー3,28512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 18分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQR

#1: タンパク質
DUF4297


分子量: 45444.953 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質
HerA


分子量: 67766.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 UV

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4894.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3')


分子量: 5198.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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非ポリマー , 2種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DUF4297-HerA-ATPgammaS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2902 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 456 nm
撮影電子線照射量: 63.01 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88914 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007109023
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.761195831
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.12944213
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0468542
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00416082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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