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万見
- EMDB-60126: HerA-DUF4297 complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60126
タイトルHerA-DUF4297 complex with DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: HerA-DUF4297-DNA
    • タンパク質・ペプチド: DUF4297
    • タンパク質・ペプチド: HerA
キーワードComplex / Nuclease / IMMUNE SYSTEM
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Yu Y / CHen Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: DUF4297 and HerA form abortosome to mediate bacterial immunity against phage infection.
著者: Dongmei Tang / Ting Liu / Yijun Chen / Zixuan Zhu / Hao Chen / Qiang Chen / Yamei Yu /
要旨: Immune receptors form higher-order complexes known as inflammasomes in animals and resistosomes in plants to mediate immune signaling. Here, we report a similar bacterial protein complex, DUF4297- ...Immune receptors form higher-order complexes known as inflammasomes in animals and resistosomes in plants to mediate immune signaling. Here, we report a similar bacterial protein complex, DUF4297-HerA, which induces abortive infection to mediate anti-phage immunity by coupling nuclease and ATPase activities. Therefore, we name this defense system "Hailibu" after a hunter in a popular folk tale who sacrifices himself to save his village. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) results reveal that DUF4297 and HerA assemble into a higher-order complex, reminiscent of apoptosome, inflammasome, or resistosome, which we refer to as an abortosome. By capturing cryo-EM structures of the pre-loading, DNA-loading, and DNA-transporting states during Hailibu abortosome processing of DNA, we propose that DNA substrates are loaded through the HerA hexamer, with adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis providing the energy to transport DNA substrates to the clustered DUF4297 Cap4 nuclease domains for degradation. This study demonstrates the existence of analogous multiprotein complexes in innate immunity across the kingdoms of life.
履歴
登録2024年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0219
最小 - 最大-0.11286112 - 0.31916776
平均 (標準偏差)0.0001824116 (±0.0072880546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60126_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60126_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HerA-DUF4297-DNA

全体名称: HerA-DUF4297-DNA
要素
  • 複合体: HerA-DUF4297-DNA
    • タンパク質・ペプチド: DUF4297
    • タンパク質・ペプチド: HerA

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超分子 #1: HerA-DUF4297-DNA

超分子名称: HerA-DUF4297-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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分子 #1: DUF4297

分子名称: DUF4297 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 45.444953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MARTAEYSIK GYLYQFLKYL SEILAAGDGA RITIEGAIED VDVIAAGLTT AVQCKYHEQA EKYTLGKIYK PILLMLEHFS KNSGTDLHV SYRLFCHFPG ESGTKALTKD DLETVLSTKG EVLRAIVARI DTSVDYEAFL DRFAIEFGPS AEDLQVAVLA S LKDKGFDP ...文字列:
MARTAEYSIK GYLYQFLKYL SEILAAGDGA RITIEGAIED VDVIAAGLTT AVQCKYHEQA EKYTLGKIYK PILLMLEHFS KNSGTDLHV SYRLFCHFPG ESGTKALTKD DLETVLSTKG EVLRAIVARI DTSVDYEAFL DRFAIEFGPS AEDLQVAVLA S LKDKGFDP DDIDAVIFPN AIQRIVDLAT RSDVNDRTVE PKTFLAGLRE VRRVTFTRWT RELATKGRMF SSLRKSLRSC LA HNSRWRV FVINPLTIEN FDDDIVRFIK AFVQRYSSKY LHSNPPLFML TGDYDLSVLQ KRLYDAGLRC ETGKVGGTDV IIK ELFRRP ILIRNPFRME FSLRLAKRDE VIGGPQRRPD ELFLINVADD EWKHEDVNVH GFKIERLSDL EYILQLRSDY A

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分子 #2: HerA

分子名称: HerA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 67.766328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPDLGTPIGS VTDSSPSLIR IEISSAEDFE KYKSMLGVGQ YLLVASGNNL YLLASITGVR ATHVERRSLG PSSEVHSEEG SDGISGNFR FQIDTQPIGT LSEDGEFSRG SHSLPVPTEY AYVTPPAVLE GIFSHQIKSP FALGTLGISP DIKLKIDGDR F FSKHVAVV ...文字列:
MPDLGTPIGS VTDSSPSLIR IEISSAEDFE KYKSMLGVGQ YLLVASGNNL YLLASITGVR ATHVERRSLG PSSEVHSEEG SDGISGNFR FQIDTQPIGT LSEDGEFSRG SHSLPVPTEY AYVTPPAVLE GIFSHQIKSP FALGTLGISP DIKLKIDGDR F FSKHVAVV GSTGSGKSCA VAKILQTAVG IESKANAHKA AQKNSHIVIF DIHAEYAAAF NLEAGEAFTL NLLGVDNLRL PY WLMNAQE LEQIFIESNE HNSHNQISQF RHAVVRNKCK HNPTLTNLSF DTPVYFSIDE VVTYLENMNN EVIGKLAGEG KPK LANETL VSDRDELYFD AVQSFIVASQ AAATKASNGP FNGEFDRMIL RLHTRLADPR LQFLFYPKKE DGEDLATGDF ADVV RQFVG YMTKSNVSII DLSGIPFEVL SIVVSLISRM IFDFGFHYSK NRHVGGAVSD VPILVVCEEA HNYLPRSGGA AYDAS RKSI ERIAKEGRKY GVTLMVVSQR PSEVSETIFS QCSNFISLRL TNAVDQTYVK SLLPDLSAGL GDLLPNLAQG EFLIVG DAP LMPTVGHFAL PVPEPHSRSV NYLQEWNSGW RHVDFDSVID RWRGKVLTKS EKGV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 56.62 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.996 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.441 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84172
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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