PDB-8zik: Crystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Bispora sp. ME...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zik

タイトル

Crystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Bispora sp. MEY-1 in complex with cellotetraose

要素

cellulase

キーワード

HYDROLASE / Promiscuous cellulase in complex with sugars

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Bispora sp. MEY-1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Zheng, J. / Luo, H.Y. / Yao, B. / Tian, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unraveling the Key Determinants of Substrate Promiscuity in Glycoside Hydrolase Family 5_5 Cellulases
著者: Zheng, J. / Luo, H.Y.

履歴

登録	2024年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zik.cif.gz	348.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zik.ent.gz	229.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zi5C 8zlgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: cellulase

B: cellulase

A: cellulase

C: cellulase

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.318, 94.990, 179.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

cellulase

分子量: 35404.938 Da / 分子数: 4 / 変異: E142Q,E257Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Bispora sp. MEY-1 (species) (554688) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A150VE32.
由来: (組換発現)

Bispora sp. MEY-1 (菌類) / 遺伝子: M433DRAFT_60941 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A150VE32, cellulase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 0.2 M sodium acetate, 32% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→29.86 Å / Num. obs: 92829 / % possible obs: 90.15 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.19 Å² / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 1.077 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.87-1.9	4.5	0.859	3223	0.694	0.905	0.38	0.945	0.842	63.3
1.9-1.94	4.8	0.798	3495	0.76	0.929	0.345	0.875	0.87	69.1
1.94-1.97	5.4	0.788	3768	0.803	0.944	0.318	0.854	0.914	74.5
1.97-2.01	6.5	0.753	3879	0.858	0.961	0.282	0.807	0.927	76.2
2.01-2.06	7.1	0.704	4064	0.905	0.975	0.251	0.75	0.955	79.8
2.06-2.11	7.7	0.647	4150	0.918	0.978	0.225	0.687	0.988	82.3
2.11-2.16	8.2	0.607	4321	0.935	0.983	0.207	0.644	1.028	85
2.16-2.22	8.6	0.557	4470	0.939	0.984	0.188	0.59	1.035	87.8
2.22-2.28	9.4	0.541	4765	0.959	0.99	0.175	0.571	1.076	94.1
2.28-2.36	10.1	0.499	4956	0.971	0.992	0.158	0.524	1.07	97.1
2.36-2.44	11.2	0.462	5098	0.982	0.995	0.142	0.484	1.094	99.7
2.44-2.54	11.7	0.402	5102	0.982	0.995	0.122	0.42	1.109	99.9
2.54-2.65	12.5	0.337	5116	0.99	0.997	0.099	0.352	1.174	100
2.65-2.79	12.9	0.262	5118	0.993	0.998	0.075	0.273	1.223	100
2.79-2.97	12.9	0.195	5129	0.996	0.999	0.057	0.203	1.266	100
2.97-3.2	12.8	0.129	5151	0.997	0.999	0.038	0.135	1.115	100
3.2-3.52	13.4	0.095	5179	0.999	1	0.027	0.099	1.018	100
3.52-4.03	12.6	0.07	5198	0.999	1	0.021	0.073	1.103	100
4.03-5.07	13.1	0.062	5247	0.999	1	0.018	0.065	1.008	100
5.07-10	12.3	0.067	5489	0.998	1	0.02	0.07	1.006	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→29.86 Å / SU ML: 0.2439 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	4590	4.95 %
R_work	0.1882	88068	-
obs	0.1908	92658	90.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→29.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9468	0	508	978	10954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	10234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9667	14005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2153	1430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.89	0.3795	95	0.3329	1904	X-RAY DIFFRACTION	58.69
1.89-1.91	0.4233	110	0.3375	2107	X-RAY DIFFRACTION	66.16
1.91-1.94	0.3766	119	0.3132	2259	X-RAY DIFFRACTION	69.86
1.94-1.96	0.3488	130	0.3069	2335	X-RAY DIFFRACTION	73.08
1.96-1.99	0.3705	124	0.2874	2435	X-RAY DIFFRACTION	75.91
1.99-2.02	0.3352	112	0.2755	2494	X-RAY DIFFRACTION	76.29
2.02-2.04	0.3325	134	0.2678	2494	X-RAY DIFFRACTION	78.54
2.04-2.07	0.3537	143	0.2639	2665	X-RAY DIFFRACTION	81.77
2.08-2.11	0.2882	135	0.2481	2613	X-RAY DIFFRACTION	81.96
2.11-2.14	0.3166	149	0.2526	2720	X-RAY DIFFRACTION	84.28
2.14-2.18	0.3016	152	0.2506	2795	X-RAY DIFFRACTION	86.73
2.18-2.22	0.3237	147	0.2299	2827	X-RAY DIFFRACTION	87.39
2.22-2.26	0.3132	154	0.2331	3005	X-RAY DIFFRACTION	92.83
2.26-2.31	0.2974	165	0.2196	3071	X-RAY DIFFRACTION	95.37
2.31-2.36	0.2458	149	0.22	3132	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.36-2.41	0.2865	186	0.2117	3226	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.41-2.47	0.2584	180	0.2092	3198	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.47-2.54	0.2749	186	0.2079	3244	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.54-2.61	0.2522	169	0.2041	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.61-2.7	0.2573	168	0.1981	3262	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.7-2.79	0.2873	156	0.1892	3268	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.79-2.91	0.2494	176	0.1929	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.91-3.04	0.2351	159	0.1999	3279	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.04-3.2	0.2289	140	0.1907	3282	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.2-3.4	0.272	186	0.1931	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.4-3.66	0.1905	154	0.171	3295	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.66-4.03	0.2008	188	0.1497	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.03-4.61	0.1725	157	0.1202	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.61-5.8	0.1634	173	0.1343	3342	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.8-29.86	0.1892	194	0.1607	3468	X-RAY DIFFRACTION	98.84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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