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- PDB-8zlg: Crystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Bispora sp. MEY-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zlg
タイトルCrystal structure of a beta-1,4-endoglucanase from Bispora sp. MEY-1
要素Endo-beta-1, 4-glucanase
キーワードHYDROLASE / Promiscuous cellulase
機能・相同性glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase
機能・相同性情報
生物種Bispora sp. MEY-1 (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zheng, J. / Luo, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872395 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unraveling the Key Determinants of Substrate Promiscuity in Glycoside Hydrolase Family 5_5 Cellulases
著者: Zheng, J. / Luo, H.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年6月4日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-1, 4-glucanase
B: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1418
ポリマ－70,8142
非ポリマー1,3276
水7,242402
1
A: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0714
ポリマ－35,4071
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-beta-1, 4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0714
ポリマ－35,4071
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.101, 115.101, 107.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSLEULEUAA8 - 3198 - 319
d_12NAGNAGNAGNAGAC401
d_13NAGNAGNAGNAGAD402
d_14NAGNAGNAGNAGAE403
d_21LYSLYSLEULEUBB8 - 3198 - 319
d_22NAGNAGNAGNAGBF401
d_23NAGNAGNAGNAGBG402
d_24NAGNAGNAGNAGBH403

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.250197483141, 0.968157385316, 0.00851449872836), (0.968194251885, -0.250178090109, -0.00328844140322), (-0.0010535878006, 0.00906644848903, -0.999958343865) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.250197483141, 0.968157385316, 0.00851449872836), (0.968194251885, -0.250178090109, -0.00328844140322), (-0.0010535878006, 0.00906644848903, -0.999958343865)
ベクター: 49.6591944154, -63.7187408592, -67.9063750851)

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-1, 4-glucanase


分子量: 35406.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Bispora sp. MEY-1 (species) (554688) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A150VE32.
由来: (組換発現) Bispora sp. MEY-1 (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A150VE32, cellulase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 0.2 M sodium acetate, 32% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 26711 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.961 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.34→6.1 Å / Num. unique obs: 16508 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→46.44 Å / SU ML: 0.2823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.7493
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1272 4.76 %
Rwork0.1833 25439 -
obs0.1865 26711 80.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 84 402 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00785020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97246846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6333712
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.98496125117 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.340.31831450.21152876X-RAY DIFFRACTION82.65
2.34-2.450.29331170.20922863X-RAY DIFFRACTION81.71
2.45-2.580.34091270.25182673X-RAY DIFFRACTION76.11
2.58-2.740.28181270.23252456X-RAY DIFFRACTION70.46
2.74-2.950.40131180.23942322X-RAY DIFFRACTION66.56
2.95-3.250.29831100.21042353X-RAY DIFFRACTION66.73
3.25-3.720.22591530.1582958X-RAY DIFFRACTION84.81
3.72-4.690.18251850.14313420X-RAY DIFFRACTION98.07
4.69-46.440.2081900.16823518X-RAY DIFFRACTION98.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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