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万見
- PDB-8zij: The holo structure of gamma-lyase CndF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zij
タイトルThe holo structure of gamma-lyase CndF
要素PLP dependent gamma-lyase CndF
キーワードLYASE / PLP dependent / Gamma-lyase / C-C bond formation
機能・相同性PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Gao, Y. / Tang, Y. / Zhou, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structure and Mechanism of the Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Amino Acid gamma-Substitution Enzyme in 6-Alkyl-Pipecolate Biosynthesis
著者: Gao, Y. / Wang, B. / Zhou, J. / Gu, Y.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PLP dependent gamma-lyase CndF
A: PLP dependent gamma-lyase CndF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6854
ポリマ－126,5552
非ポリマー1302
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area36380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.432, 102.527, 128.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 64 through 73 or (resid 74...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 64 through 120 or (resid 121...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLYGLYPROPROAB64 - 55366 - 555
d_21GLYGLYASPASPBA64 - 25466 - 256
d_22ASPASPALAALABA259 - 510261 - 512
d_23PROPROPROPROBA524 - 553526 - 555

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.179022052494, 0.953574957459, -0.24216916655), (0.951943019124, 0.105714458208, -0.287452503323), (-0.248506726391, -0.281991584684, -0.926674243252)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.179022052494, 0.953574957459, -0.24216916655), (0.951943019124, 0.105714458208, -0.287452503323), (-0.248506726391, -0.281991584684, -0.926674243252)
ベクター: -26.0146380198, 28.0665423892, 22.162893614)

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要素

#1: タンパク質 PLP dependent gamma-lyase CndF


分子量: 63277.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence matches GenBank Code KAK5801372.1, except for two mismatches (F15L and L561F).
由来: (組換発現) Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium sulfate, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→47.6 Å / Num. obs: 35765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.462 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4321 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.583 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→47.6 Å / SU ML: 0.3516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9414
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 1739 4.87 %
Rwork0.2142 33965 -
obs0.2163 35704 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7309 0 21 98 7428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00637497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.783410205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.60492685
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.943164846558 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.670.34551400.28242791X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.750.30941400.27622797X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.850.33051440.2812809X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-2.960.29141520.27682760X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.10.31081310.24762813X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.260.26071530.24072779X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.470.28511390.23762816X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.730.25251280.21482833X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.110.21621550.19372848X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.70.2271440.17942834X-RAY DIFFRACTION100
4.71-5.930.25551590.18942876X-RAY DIFFRACTION100
5.93-47.60.22411540.19063009X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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