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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zhn | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with three H18 and three R1-32 Fabs (one RBD rotated) | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Spike protein / RBD / Antibody / Fab / Viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å | ||||||||||||
![]() | Yan, Q. / Gao, X. / Liu, B. / Hou, R. / He, P. / Li, Z. / Chen, Q. / Wang, J. / He, J. / Chen, L. ...Yan, Q. / Gao, X. / Liu, B. / Hou, R. / He, P. / Li, Z. / Chen, Q. / Wang, J. / He, J. / Chen, L. / Zhao, J. / Xiong, X. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antibodies utilizing VL6-57 light chains target a convergent cryptic epitope on SARS-CoV-2 spike protein helping to drive the genesis of Omicron variants 著者: Yan, Q. / Gao, X. / Liu, B. / Hou, R. / He, P. / Ma, Y. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Li, Z. / Chen, Q. / Wang, J. / Huang, X. / Liang, H. / Zheng, H. / Yao, Y. / Chen, X. / Niu, X. / He, J. / ...著者: Yan, Q. / Gao, X. / Liu, B. / Hou, R. / He, P. / Ma, Y. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Li, Z. / Chen, Q. / Wang, J. / Huang, X. / Liang, H. / Zheng, H. / Yao, Y. / Chen, X. / Niu, X. / He, J. / Chen, L. / Zhao, J. / Xiong, X. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 885.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60109MC ![]() 8zhdC ![]() 8zheC ![]() 8zhfC ![]() 8zhgC ![]() 8zhhC ![]() 8zhiC ![]() 8zhjC ![]() 8zhkC ![]() 8zhlC ![]() 8zhmC ![]() 8zhoC ![]() 8zhpC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 CAB
#1: タンパク質 | 分子量: 141253.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S, 2, wac, EcT6_00157 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 4種, 12分子 GHNILODFKEJM
#2: 抗体 | 分子量: 23840.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 22382.643 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 25768.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 抗体 | 分子量: 25868.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 45分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13185 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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