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万見
- PDB-8zfv: Crystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zfv
タイトルCrystal Structure of C-terminal domain of nucleocapsid protein from SARS-CoV-2 in complex with ceftriaxone
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucleocapsid protein / RNA binding C-terminal domain / drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dhaka, P. / Mahto, J.K. / Tomar, S. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST-SERB IPA/2020/000054 インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the RNA binding inhibitors of the C-terminal domain of the SARS-CoV-2 nucleocapsid.
著者: Dhaka, P. / Mahto, J.K. / Singh, A. / Kumar, P. / Tomar, S.
履歴
登録2024年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1429
ポリマ－78,2764
非ポリマー1,8665
水12,052669
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3435
ポリマ－39,1382
非ポリマー1,2053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7994
ポリマ－39,1382
非ポリマー6612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.539, 46.643, 69.021
Angle α, β, γ (deg.)106.66, 90.11, 93.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 19569.055 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 50 mM Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→26.58 Å / Num. obs: 34801 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2572 / CC1/2: 0.889

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YUN

6yun


解像度: 2→26.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.392 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20494 1752 5 %RANDOM
Rwork0.14731 ---
obs0.15019 33047 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0.03 Å2-0.12 Å2
2--1.07 Å20.34 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→26.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3548 0 120 669 4337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.8385230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6621.7978169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3415459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.586555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03510636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.5510.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2951.3211821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.291.3211821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0862.3622285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0862.3632286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3651.7692035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3651.7692036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8353.0932940
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4721.924866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.4721.924867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 119 -
Rwork0.194 2444 -
obs--98.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4696-0.20840.01520.1381-0.06160.3189-0.0426-0.016-0.00690.00110.0123-0.0195-0.01160.00640.03030.0204-0.00270.0010.002-0.00170.022216.8053-9.73226.5349
20.70790.1263-0.06520.2569-0.06860.0396-0.055-0.05840.0239-0.02060.0362-0.01630.01470.00440.01880.00770.00570.00540.01970.00140.0163-5.16679.306-8.1763
30.59910.1821-0.12950.08470.00010.4942-0.0325-0.0944-0.0945-0.0262-0.0442-0.0305-0.0156-0.0230.07670.01670.00780.00420.02980.01440.0244.9242-16.894318.9813
40.4869-0.2606-0.07380.23890.03860.4341-0.01780.06750.06650.0227-0.0357-0.0196-0.01340.01050.05340.0083-0.00430.00330.01060.01120.0279-16.832717.4623-18.3235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A251 - 794
2X-RAY DIFFRACTION2C257 - 652
3X-RAY DIFFRACTION3B253 - 656
4X-RAY DIFFRACTION4D254 - 771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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