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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zfk | |||||||||
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タイトル | Caenorhabditis elegans ACR-23 in betaine and monepantel bound state | |||||||||
要素 | Betaine receptor acr-23,Soluble cytochrome b562 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ion channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity ...Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / synapse / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Q.F. / Liu, F.L. / Li, T.Y. / Gong, H.H. / Guo, F. / Liu, S. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of acetylcholine receptor like-23 (ACR-23) activation by anthelmintics monepantel and betaine 著者: Liu, F.L. / Li, T.Y. / Gong, H.H. / Guo, F. / Liu, S. / Chen, Q.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zfk.cif.gz | 439.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zfk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8zfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/8zfk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 60063MC 8zflC 8zfmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 DABCE
#1: タンパク質 | 分子量: 70582.281 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag, whereas resides 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, resides 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, resides ...詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag, whereas resides 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, resides 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, resides 613-620 correspond to the strep ll tag. 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: acr-23, 5E130, F59B1.9, cybC 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: G5EG88, UniProt: P0ABE7 |
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-糖 , 2種, 15分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 25分子
#4: 化合物 | ChemComp-A1D8E / ~{ 分子量: 473.392 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H13F6N3O2S #5: 化合物 | ChemComp-BET / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: acetylcholine receptor like-23(ACR-23) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.067 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 細胞: sf9 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219723 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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