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万見
- PDB-8zf0: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zf0
タイトルpRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex
要素
  • EDS1
  • Lipase-like PAD4
  • RPW8 domain-containing protein
キーワードPLANT PROTEIN / ADR1 / EDS1 / PAD4 / plant immunity / pRib-ADP / NLR
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / defense response / ADP binding / lipid metabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RPW8 domain-containing protein / EDS1 / Lipase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Xu, W.Y. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A canonical protein complex controls immune homeostasis and multipathogen resistance.
著者: Yue Wu / Weiying Xu / Guoyan Zhao / Ziyao Lei / Kui Li / Jiyun Liu / Shijia Huang / Junli Wang / Xiangbin Zhong / Xin Yin / Yuandong Wang / Haochen Zhang / Yang He / Zian Ye / Yonggang Meng / ...著者: Yue Wu / Weiying Xu / Guoyan Zhao / Ziyao Lei / Kui Li / Jiyun Liu / Shijia Huang / Junli Wang / Xiangbin Zhong / Xin Yin / Yuandong Wang / Haochen Zhang / Yang He / Zian Ye / Yonggang Meng / Xiaoyu Chang / Hui Lin / Xin Wang / Yuanyuan Gao / Jijie Chai / Jane E Parker / Yiwen Deng / Yu Zhang / Mingjun Gao / Zuhua He /
要旨: The calcium (Ca) sensor ROD1 (RESISTANCE OF RICE TO DISEASES1) is a master regulator of immunity in rice. By screening suppressors of mutants, we show that ROD1 governs immune homeostasis by ...The calcium (Ca) sensor ROD1 (RESISTANCE OF RICE TO DISEASES1) is a master regulator of immunity in rice. By screening suppressors of mutants, we show that ROD1 governs immune homeostasis by surveilling the activation of a canonical immune pathway. Mutations in (), (), (), and () all abolish enhanced disease resistance of plants. OsTIR catalyzes the production of second messengers 2'-(5″-phosphoribosyl)-5'-adenosine monophosphate (pRib-AMP) and diphosphate (pRib-ADP), which trigger formation of an OsEDS1-OsPAD4-OsADR1 (EPA) immune complex. ROD1 interacts with OsTIR and inhibits its enzymatic activity, whereas mutation of leads to constitutive activation of the EPA complex. Thus, we unveil an immune network that fine-tunes immune homeostasis and multipathogen resistance in rice.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPW8 domain-containing protein
B: EDS1
C: Lipase-like PAD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,7044
ポリマ－236,0653
非ポリマー6391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 RPW8 domain-containing protein


分子量: 96140.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for strain 'Oryza sativa Japonica Group' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A0E0JBT6. The author ...詳細: Sequence reference for strain 'Oryza sativa Japonica Group' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A0E0JBT6. The author provided reference sequence from NCBI (id: XP_015619838.1).
由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0E0JBT6
#2: タンパク質 EDS1 / Os09g0392100 protein


分子量: 68366.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os09g0392100, B1175F05.21, OsJ_29238
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A3BYH7
#3: タンパク質 Lipase-like PAD4


分子量: 71557.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: LOC_Os11g09010
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2R9E7
#4: 化合物 ChemComp-A1D8A / [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N5O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 11.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174833 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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