PDB-8zck: Serial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Hu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zck

タイトル

Serial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap

要素

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / fusion protein / immunoglobulin / N-glycans

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Destan, E. / DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from VEGF-Trap
著者: Destan, E. / Demirci, H.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zck.cif.gz	194 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zck.ent.gz	154.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zck_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zck_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8zck_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	8zck_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.470, 79.990, 143.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE

分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-3DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1_f2-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.77 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→32.67 Å / Num. obs: 132583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 135.3 % / CC_1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 4.49
反射シェル	解像度: 2→2.14 Å / Num. unique obs: 7163 / CC_1/2: 0.47 / CC star: 0.41 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
CrystFEL		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.2 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	859	2.42 %
R_work	0.1886	-	-
obs	0.1896	35449	88.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	195	127	3646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.681	4967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.673	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.13	0.366	103	0.4009	4149	X-RAY DIFFRACTION	65
2.13-2.29	0.3208	129	0.3062	5221	X-RAY DIFFRACTION	81
2.29-2.52	0.323	146	0.2414	5850	X-RAY DIFFRACTION	91
2.52-2.88	0.2414	155	0.206	6231	X-RAY DIFFRACTION	97
2.88-3.63	0.2142	160	0.1693	6474	X-RAY DIFFRACTION	99
3.63-29.2	0.2	166	0.163	6665	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5567	0.3588	0.2554	2.0454	-0.6267	4.5369	-0.667	0.7313	0.4354	-3.6062	0.2564	0.0421	-0.5032	0.2085	-0.189	2.3655	-0.377	0.2648	0.6234	0.1266	0.4695	-34.243	12.6226	8.5218
2	5.154	0.573	1.4657	3.3019	0.7343	3.4477	-0.1809	-0.643	0.4368	0.264	0.1085	-0.0113	-0.0388	-0.018	0.0839	0.2162	0.0331	0.0261	0.3349	-0.0643	0.3645	-31.1581	7.0349	40.2294
3	6.0086	0.0391	3.1598	3.6561	-1.31	8.9126	-0.0267	0.1077	-0.4166	-0.3072	-0.0368	0.0374	0.4658	-0.5686	-0.0046	0.2693	-0.0404	0.038	0.3186	-0.0841	0.4123	-10.7824	-14.5261	20.306
4	6.5442	1.2591	3.6424	6.7713	1.0433	2.0951	-0.1391	1.5113	-1.1539	-1.3805	0.3588	0.0595	-0.2679	0.6261	-0.1811	0.6334	-0.0684	-0.0163	0.9673	-0.2457	0.5182	-8.7323	-15.4853	1.6647
5	9.8735	3.4827	6.7182	4.4087	2.6565	5.1237	0.5485	0.7497	-0.5447	-0.2818	-0.1686	0.0463	0.3646	-0.0045	-0.4715	0.5317	-0.0194	0.0292	0.8098	-0.2283	0.4699	-11.3832	-19.0504	6.8211
6	5.8774	0.7192	1.363	4.9156	1.0669	1.9752	-0.0483	0.9496	0.0494	-0.6377	0.1613	-0.2123	-0.4567	0.674	-0.1153	0.3497	-0.0732	0.0687	0.4529	-0.0464	0.3877	-4.3114	-10.897	12.9411
7	2.4162	-0.5007	-4.4238	3.1342	0.1668	8.5052	-0.1182	-0.4209	0.2485	0.3453	0.2431	0.2274	0.047	-0.0158	-0.1032	0.2787	0.0632	-0.0172	0.3333	0.0093	0.3416	-21.4402	-2.7934	42.2103
8	7.7839	1.0435	-1.9503	5.7583	-1.0957	4.2736	-0.1517	-0.4511	-0.4482	0.2419	0.1614	0.3893	0.304	-0.169	0.0238	0.2125	0.0251	-0.0019	0.3324	0.0265	0.3142	-22.8858	-8.0449	39.312
9	5.9147	5.9493	-5.4776	6.753	-5.0543	5.358	-0.4235	-1.0315	-1.0567	0.3173	0.3915	0.4964	0.8406	0.0695	0.1918	0.5206	0.0705	0.0885	0.6712	0.2461	0.6913	-22.3933	-14.0419	47.1463
10	9.2168	1.0727	-6.0319	4.512	-0.8194	7.6348	-0.1367	-0.9164	-0.5137	0.6572	0.2317	-0.2714	0.1545	0.0626	-0.0739	0.3783	0.1043	-0.0881	0.516	0.0608	0.3621	-12.2099	-10.2919	43.9926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 223 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 428 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 222 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 250 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 265 through 286 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 321 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 322 through 357 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 358 through 403 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 404 through 413 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 414 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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