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- PDB-8zca: Crystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of Hu1C8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zca
タイトルCrystal structure of human CD47 ECD bound to Fab of Hu1C8
要素
  • 1C8 Fab heavy chain
  • 1C8 Fab light chain
  • Leukocyte surface antigen CD47
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD47 / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of stress fiber assembly / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell activation / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, Z. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The humanized antibody Hu1C8 binds to a distinct epitope of CD47 in a novel metal ion-dependent manner to induce low RBC toxicity and effective antitumour activity
著者: Lu, X. / Sun, B.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1C8 Fab light chain
D: 1C8 Fab heavy chain
B: 1C8 Fab light chain
C: 1C8 Fab heavy chain
E: Leukocyte surface antigen CD47
F: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,12214
ポリマ－124,9736
非ポリマー1,1498
水3,063170
1
A: 1C8 Fab light chain
D: 1C8 Fab heavy chain
F: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0617
ポリマ－62,4873
非ポリマー5754
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1C8 Fab light chain
C: 1C8 Fab heavy chain
E: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0617
ポリマ－62,4873
非ポリマー5754
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.224, 79.931, 92.751
Angle α, β, γ (deg.)112.50, 96.61, 103.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ABDC

#1: 抗体 1C8 Fab light chain


分子量: 23801.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 1C8 Fab heavy chain


分子量: 23760.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 EF

#3: タンパク質 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 14924.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q08722
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 174分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38158 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.926 / CC star: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 1.127 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 108179
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.542.20.35716710.8540.960.2680.4490.56686.9
2.54-2.592.40.32719120.8830.9680.2420.4090.55896.2
2.59-2.642.40.3519040.8870.970.2570.4360.58197.7
2.64-2.692.60.32319030.8740.9660.230.3990.61497.8
2.69-2.752.70.35719250.8320.9530.2520.4390.66598
2.75-2.822.70.31319290.8780.9670.2170.3830.69298.1
2.82-2.892.70.30418850.8570.9610.210.3710.70998.1
2.89-2.962.70.26719490.9140.9770.1850.3270.80498.2
2.96-3.052.70.27318890.8770.9670.1930.3370.88798.4
3.05-3.1530.28719200.8620.9620.1940.3481.00197.9
3.15-3.262.90.22619060.910.9760.1550.2751.00598.6
3.26-3.393.10.2219440.9140.9770.1470.2661.13198.5
3.39-3.553.10.22719210.9470.9860.1490.2721.1998.6
3.55-3.733.10.25619540.8120.9470.170.3081.43998.5
3.73-3.9730.18519010.8710.9650.1260.2251.48198.7
3.97-4.273.10.14119250.9390.9840.0940.171.64598.7
4.27-4.73.10.12619470.9610.990.0830.1521.86198.9
4.7-5.383.10.11519310.9510.9870.0760.1381.64698.9
5.38-6.7830.11619250.9310.9820.0790.1411.36698.9
6.78-503.10.08719170.980.9950.0580.1051.56297.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000位相決定
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→38.52 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 1902 5.24 %
Rwork0.2146 --
obs0.2174 36287 91.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8341 0 56 170 8567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04511631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0671202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.4217910.30941518X-RAY DIFFRACTION57
2.55-2.620.32961250.29332264X-RAY DIFFRACTION84
2.62-2.70.31571350.27952295X-RAY DIFFRACTION85
2.7-2.790.37751250.27742382X-RAY DIFFRACTION88
2.79-2.890.33241380.27782484X-RAY DIFFRACTION92
2.89-30.27941320.27392513X-RAY DIFFRACTION92
3-3.140.37211430.27152522X-RAY DIFFRACTION95
3.14-3.30.27611400.252584X-RAY DIFFRACTION96
3.3-3.510.30721500.24322639X-RAY DIFFRACTION97
3.51-3.780.29231450.21312643X-RAY DIFFRACTION98
3.78-4.160.26811460.19212635X-RAY DIFFRACTION98
4.16-4.760.21781400.1642648X-RAY DIFFRACTION99
4.76-60.2111480.17372645X-RAY DIFFRACTION98
6-38.520.18941440.17122613X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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