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- PDB-8zc8: The structure of MitM and mitomycin A with SAH in mitomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zc8
タイトルThe structure of MitM and mitomycin A with SAH in mitomycin
要素MitM
キーワードTRANSFERASE / SAM-dependent methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, methyltransferase domain / Methyltransferase in polyketide synthase (PKS) enzymes. / : / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MQA / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / MitM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces caespitosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xia, M. / Dong, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic analysis of MitM, which catalyzes the post-mitosane modification in mitomycin biosynthesis
著者: Xia, M. / Dong, D.
履歴
登録2024年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MitM
B: MitM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2895
ポリマ－62,1702
非ポリマー1,1183
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.953, 113.953, 108.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 MitM


分子量: 31085.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Streptomyces caespitosus is not available, replaced by Q9X5Q9 temporarily.
由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア)
遺伝子: mitM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X5Q9
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MQA / [(1aS,8S,8aR,8bS)-6,8a-dimethoxy-5-methyl-4,7-dioxo-1,1a,2,4,7,8,8a,8b-octahydroazireno[2',3':3,4]pyrrolo[1,2-a]indol-8-yl]methyl carbamate / Mitomycin A / マイトマイシンA


分子量: 349.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% w/v PEG 3350, 10% w/v Ethylene glycol, 0.2 M Sodium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.34 Å / Num. obs: 20544 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 2957 / CC1/2: 0.653

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT11.29データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ZC7

8zc7


解像度: 2.8→49.34 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 2001 9.75 %
Rwork0.2239 --
obs0.2258 20514 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4131 0 77 4 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4725844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8451538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.026775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.40591430.41321316X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.950.40991390.36521291X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.030.38411390.33591308X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.130.33871410.34041299X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.240.31561440.32851294X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.370.36251430.31991325X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.530.30631390.29511306X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.710.31371410.25371317X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.950.26791440.23661321X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.250.22061420.21011309X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.680.21171460.16921318X-RAY DIFFRACTION100
4.68-5.350.1981460.17531339X-RAY DIFFRACTION100
5.35-6.740.17861450.20321350X-RAY DIFFRACTION100
6.74-49.340.18311490.16261420X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.3638 Å / Origin y: -6.2356 Å / Origin z: 9.3857 Å
111213212223313233
T0.793 Å2-0.0631 Å20.0864 Å2-0.4723 Å2-0.1322 Å2--0.6156 Å2
L1.5938 °20.7232 °2-0.6619 °2-0.8137 °2-0.7608 °2--0.941 °2
S0.2408 Å °-0.1899 Å °0.2327 Å °0.364 Å °-0.0434 Å °0.1542 Å °-0.2833 Å °0.1582 Å °-0.1717 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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