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- PDB-8z9l: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8z9l | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / SARS-CoV-2 RBD / Rhinolophus affinis ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lan, J. / Wang, C.H. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Molecular mechanisms of RaTG13 and SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis bat ACE2. Authors: Wang, C. / Li, M. / Nan, X. / Deng, Y. / Fan, S. / Lan, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 737.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 132.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 170.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8z9iC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 69607.344 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() References: UniProt: A0A7D7JS29, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) #2: Protein | Mass: 22108.758 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RBD domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: S, 2 / Production host: ![]() #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | ChemComp-NAG / Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M HEPES pH7.5, 10% w/v Polyethylene 8000, 8% v/v Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.598→50 Å / Num. obs: 55023 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11 % / CC1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 4.67 |
Reflection shell | Resolution: 3.598→3.727 Å / Num. unique obs: 5181 / CC1/2: 0.699 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.598→38.013 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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