PDB-8z9i: Crystal structure of RaTG13 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z9i

タイトル

Crystal structure of RaTG13 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2

要素

Angiotensin-converting enzyme
RaTG13 Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RaTG13 RBD / Rhinolophus affinis ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / cilium / apical plasma membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)

Rhinolophus affinis (ナカキクガシラコウモリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.011 Å

データ登録者

Lan, J. / Wang, C.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanisms of RaTG13 and SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis bat ACE2.
著者: Wang, C. / Li, M. / Nan, X. / Deng, Y. / Fan, S. / Lan, J.

履歴

登録	2024年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	8z9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (4) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (4)

登録構造単位

O: RaTG13 Spike glycoprotein

A: Angiotensin-converting enzyme

E: RaTG13 Spike glycoprotein

F: Angiotensin-converting enzyme

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.925, 273.391, 165.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

RaTG13 Spike glycoprotein

分子量: 22108.818 Da / 分子数: 2 / 断片: RBD domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Current sequence reference is from UniProt ID A0A6B9WHD3 with TAX ID 2709072 (Bat coronavirus RaTG13) which matches the entry title. However, UniProt ID A0A6B9WHD3 is deleted from UniProtKB ...
由来: (組換発現)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#2: タンパク質

Angiotensin-converting enzyme

分子量: 69525.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhinolophus affinis (ナカキクガシラコウモリ)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7D7J6S6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0,30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.011→50 Å / Num. obs: 44473 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.011→3.119 Å / Num. unique obs: 3985 / CC_1/2: 0.685

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.011→28.653 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	2201	4.95 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1962	44424	97.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.011→28.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12890	0	31	0	12921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	13471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.33	18323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.34	7916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0114-3.0768	0.2916	106	0.2487	2218	X-RAY DIFFRACTION	83
3.0768-3.1483	0.2893	135	0.259	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1483-3.2269	0.3084	139	0.2438	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2269-3.314	0.318	163	0.2391	2560	X-RAY DIFFRACTION	97
3.314-3.4114	0.2951	140	0.2396	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4114-3.5213	0.2492	128	0.2219	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5213-3.6469	0.2618	135	0.2173	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6469-3.7926	0.2699	133	0.1947	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7926-3.9648	0.2521	113	0.1866	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9648-4.1733	0.2322	135	0.1846	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1733-4.4338	0.2287	152	0.1705	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4338-4.7747	0.2072	145	0.1625	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7747-5.2526	0.2127	145	0.1668	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2526-6.0065	0.2211	142	0.1816	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0065-7.5447	0.2057	143	0.191	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5447-28.653	0.2043	147	0.1806	2737	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2154	-0.2295	0.3262	1.0554	0.2999	2.2604	-0.0028	-0.2152	-0.4183	0.1017	0.3481	0.7058	-0.3683	-0.075	-0.1204	0.415	0.1047	0.0695	0.4204	0.0362	0.8199	-15.3458	53.065	23.9883
2	6.5941	4.3432	0.0816	4.3685	-2.7445	7.7562	-0.6376	0.3905	-0.9433	-0.4646	1.0905	1.1265	0.7097	-0.2676	0.6408	0.486	-0.0533	0.0778	1.1436	0.1624	0.8512	-21.0465	41.2436	24.8656
3	3.501	0.8288	-2.3642	5.4321	-0.5391	3.3162	-1.1364	0.9947	-0.086	-0.6515	0.2913	0.156	0.4768	-0.7468	0.5039	0.4602	-0.1622	0.084	0.455	-0.0747	0.5897	-9.7314	39.1551	18.1336
4	1.4695	1.0639	0.1371	2.83	0.0023	0.6353	0.1552	-0.2259	0.2755	0.4497	-0.0948	0.2077	0.0313	-0.0344	-0.1092	0.4291	0.0471	0.0353	0.363	-0.0656	0.5024	-1.6408	52.0532	25.1373
5	1.7627	0.2812	0.0412	2.2175	-0.0781	0.4365	0.0813	-0.0449	0.3383	0.1961	-0.0366	-0.1845	0.1677	0.2781	-0.0322	0.3608	0.0479	0.056	0.4048	-0.0373	0.5371	2.7802	58.5794	19.0615
6	1.0704	-0.633	-1.5777	1.7246	0.1079	3.5273	0.6801	-0.9563	-0.359	0.4253	0.1116	-0.0658	-0.6823	0.3061	-0.6684	0.674	-0.1659	0.4366	0.8693	0.0227	1.2859	-20.9909	41.6411	37.5473
7	0.6026	-0.3064	0.4661	1.6529	-0.2472	0.2499	0.1098	0.1284	-0.0187	0.0987	-0.2191	-0.065	-0.0255	0.129	0.0958	0.4763	0.0476	0.0374	0.5083	0.0222	0.4082	82.3711	20.9946	-36.1926
8	0.7182	-0.0076	-0.6172	1.4564	-0.1704	1.1799	-0.0609	-0.2342	0.1718	0.1049	0.0331	-0.1073	-0.0668	0.4475	0.0269	0.2183	0.067	-0.0826	0.4977	-0.0295	0.3131	70.2181	40.0684	-19.6843
9	1.987	-0.3092	-0.176	0.7787	0.114	1.6862	-0.0754	-0.2628	0.3501	0.3856	-0.0024	-0.2016	0.3191	0.0943	0.1216	0.4841	0.0682	-0.0571	0.5123	-0.1566	0.3981	68.2611	42.1797	-1.0649
10	1.6957	-0.1032	-1.8821	1.5231	-0.3931	2.5402	-0.1118	-0.7689	0.1613	0.3538	0.1567	0.0066	-0.2003	0.6079	0.0196	0.4764	0.2035	-0.0336	0.5839	-0.0816	0.3911	84.5676	16.9114	-7.6684
11	1.1994	-0.4009	-0.4084	0.9563	0.4618	0.801	-0.0829	-0.2854	0.0238	0.1033	0.1055	0.0038	0.1178	0.0518	-0.0243	0.2989	0.0635	-0.0169	0.4035	-0.0072	0.2863	68.3689	33.1518	-14.4364
12	1.4531	-0.3293	-0.3241	1.6963	0.5843	1.493	-0.1143	-0.2619	-0.2974	0.3201	0.0976	0.0188	0.2476	-0.0957	-0.0144	0.4521	0.0668	0.062	0.3571	0.0456	0.3356	60.0718	23.5798	-9.8148
13	1.5943	-0.4895	0.4147	2.8292	-0.164	1.8929	0.2586	-0.077	-0.3484	-0.4638	-0.1585	-0.1162	0.4783	0.2011	-0.0515	0.392	0.0473	-0.011	0.4016	0.0137	0.5599	102.5212	-15.2516	-32.1044
14	1.8777	-2.2283	0.174	5.4198	0.0692	0.0867	-0.4078	-0.4798	-0.2547	0.9071	0.661	-0.8191	-0.3362	-0.2494	-0.1133	0.6414	0.2211	-0.0474	0.5939	0.0573	0.7195	99.747	-21.474	-20.5477
15	0.3846	-0.47	-0.1202	2.5067	0.0622	0.9677	0.0561	-0.2282	-0.2719	0.1564	-0.0861	0.364	0.1693	0.0136	-0.0159	0.406	0.0359	0.0288	0.4601	0.0821	0.5058	89.5339	-16.5815	-28.7969
16	2.6482	-0.4661	0.1322	2.7029	-0.5427	2.8345	-0.2036	-0.4127	-0.0205	0.438	0.304	-0.2178	0.1778	0.1736	-0.0412	0.4483	0.0959	-0.0173	0.4105	-0.0922	0.4545	91.7543	-11.9712	-28.5606
17	1.6741	-0.3886	-0.5923	1.6039	0.4643	1.2491	0.2364	0.183	-0.0759	-0.0994	-0.0167	-0.7111	-0.051	0.5419	-0.1113	0.3445	-0.0387	-0.0391	0.3565	0.0696	0.4578	93.0363	1.771	-36.7209
18	2.0052	0.2314	-1.2741	2.0909	0.909	1.356	0.2206	0.4595	-0.1871	-0.185	-0.2546	-0.3105	-0.374	-0.1457	0.0626	0.3535	0.041	-0.0153	0.3695	-0.0543	0.5608	86.5715	-5.0278	-48.4598
19	1.1341	-0.714	-0.0707	1.0559	1.131	1.8727	-0.062	-0.0715	0.4125	-0.0261	0.0273	-0.2518	-0.5492	-0.0079	0.0665	0.3979	-0.0039	0.0341	0.2752	-0.0116	0.5698	91.1287	1.0375	-35.7964
20	3.5282	-0.0193	-1.3788	1.13	2.3444	5.4899	-0.049	-0.6532	-1.3309	0.9904	-0.0112	-0.3255	0.5649	-0.6972	-0.0223	0.7773	0.0755	-0.0816	0.5328	0.1505	0.5656	98.0489	-32.5113	-30.6687
21	0.3947	-0.2631	-0.4792	1.4114	0.6958	0.8139	0.1649	-0.0887	0.2945	-0.1659	0.1054	-0.3307	-0.2098	0.2741	-0.1285	0.3575	-0.0483	0.0698	0.4094	-0.0492	0.5706	19.7002	63.185	9.6877
22	1.0342	-0.2505	-0.6599	1.9524	-0.2017	1.4383	-0.0454	-0.0577	0.275	-0.0378	0.0447	0.0403	-0.3248	-0.0662	-0.0289	0.281	0.0255	-0.0093	0.2839	-0.0305	0.3093	30.2828	59.2006	-15.7428
23	1.0921	-0.4279	0.027	1.0163	0.1871	1.7441	-0.1273	0.0028	-0.1106	-0.0397	-0.0857	0.1215	0.0346	0.0372	0.1823	0.3298	-0.0101	0.049	0.3518	-0.031	0.326	37.5164	38.085	-20.611
24	1.5774	-0.7623	-0.7341	1.4598	0.3199	1.5244	0.0101	0.0557	-0.1014	-0.2249	-0.1743	0.3561	0.1448	-0.2253	0.14	0.3582	0.0124	0.0513	0.4355	-0.0126	0.4221	15.2945	39.5543	-6.7382
25	1.3905	0.2981	-0.0106	1.7265	-0.1373	1.3931	-0.0189	0.0066	0.1246	0.0955	0.0871	-0.1574	-0.1257	0.0144	-0.0707	0.3663	-0.0068	0.0288	0.3535	-0.0419	0.3241	38.1489	50.2542	-16.8714
26	1.5183	-0.4038	-0.4496	1.621	0.4065	1.0718	-0.0319	-0.1177	-0.1847	0.1002	0.0404	-0.025	0.2463	0.0945	0.0251	0.3743	0.0091	0.064	0.3004	0.0187	0.2615	34.7811	34.0405	-4.8549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'O' and (resid 333 through 358 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'O' and (resid 359 through 369 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'O' and (resid 370 through 380 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'O' and (resid 381 through 479 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'O' and (resid 480 through 516 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'O' and (resid 517 through 527 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 19 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 129 through 251 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 252 through 293 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 294 through 384 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 385 through 512 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 513 through 614 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 333 through 358 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 359 through 375 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 376 through 421 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 422 through 442 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 443 through 459 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 460 through 479 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 480 through 515 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 516 through 528 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 19 through 109 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 110 through 218 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 219 through 293 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 294 through 431 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 432 through 513 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 514 through 615 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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