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- PDB-8z9d: cryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8z9d
タイトルcryo-EM structure of PSII-LHCII megacomplex from spinach
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 5
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Oxygen-evolving enhancer protein ...) x 3
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII / LHCII / megacomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem II / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...chloroplast photosystem II / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / : / response to light stimulus / photosynthesis / cell redox homeostasis / chloroplast / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein LOC110783121 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Shan, J.Y. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Architecture and functional regulation of a plant PSII-LHCII megacomplex.
著者: Jianyu Shan / Dariusz M Niedzwiedzki / Rupal S Tomar / Zhenfeng Liu / Haijun Liu /
要旨: Photosystem II (PSII) splits water in oxygenic photosynthesis on Earth. The structure and function of the CSM-type PSII-LHCII (light-harvesting complex II) megacomplexes from the wild-type and PsbR- ...Photosystem II (PSII) splits water in oxygenic photosynthesis on Earth. The structure and function of the CSM-type PSII-LHCII (light-harvesting complex II) megacomplexes from the wild-type and PsbR-deletion mutant plants are studied through electron microscopy (EM), structural mass spectrometry, and ultrafast fluorescence spectroscopy [time-resolved fluorescence (TRF)]. The cryo-EM structure of a type I CSM megacomplex demonstrates that the three domains of PsbR bind to the stromal side of D1, D2, and CP43; associate with the single transmembrane helix of the redox active Cyt ; and stabilize the luminal extrinsic PsbP, respectively. This megacomplex, with PsbR and PsbY centered around the narrow interface between two dimeric PSII cores, provides the supramolecular structural basis that regulates the plastoquinone occupancy in Q site, excitation energy transfer, and oxygen evolution. PSII-LHCII megacomplexes (types I and II) and LHC aggregation levels in mutant were also interrogated and compared to wild-type plants through EM and picosecond TRF.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
Oo: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
Rr: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Ss: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Tt: Photosystem II reaction center protein T
Uu: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
Ww: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
Xx: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
Yy: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Zz: Photosystem II reaction center protein Z
44: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic
Pp: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
Qq: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
p: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
11: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
33: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
0: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
5: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic
00: Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic
55: Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
P: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
Q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
4: Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic
AA: Photosystem II protein D1
BB: Photosystem II CP47 reaction center protein
CC: Photosystem II CP43 reaction center protein
DD: Photosystem II D2 protein
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
EE: Cytochrome b559 subunit alpha
FF: Cytochrome b559 subunit beta
GG: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
HH: Photosystem II reaction center protein H
II: Photosystem II reaction center protein I
JJ: Photosystem II reaction center protein J
KK: Photosystem II reaction center protein K
LL: Photosystem II reaction center protein L
MM: Photosystem II reaction center protein M
NN: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
OO: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
PP: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
QQ: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
RR: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
SS: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
TT: Photosystem II reaction center protein T
UU: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
WW: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
XX: Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic
YY: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ZZ: Photosystem II reaction center protein Z
Aa: Photosystem II protein D1
Bb: Photosystem II CP47 reaction center protein
Cc: Photosystem II CP43 reaction center protein
Dd: Photosystem II D2 protein
Ee: Cytochrome b559 subunit alpha
Ff: Cytochrome b559 subunit beta
Gg: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Hh: Photosystem II reaction center protein H
Ii: Photosystem II reaction center protein I
Jj: Photosystem II reaction center protein J
Kk: Photosystem II reaction center protein K
Ll: Photosystem II reaction center protein L
Mm: Photosystem II reaction center protein M
Nn: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,986,188893
ポリマ－2,355,228112
非ポリマー630,960781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 17種, 64分子 AaAAAaTtTtTTUuUuUUWwWwWWXxXxXXZzZzZZ000555Cc...

#1: タンパク質
Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38804.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69560, photosystem II
#5: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P61840
#6: タンパク質
Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic


分子量: 10676.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J8H2
#7: タンパク質
Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 14186.097 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41387
#8: タンパク質
Photosystem II reaction center X protein, chloroplastic


分子量: 11958.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JQ89
#10: タンパク質
Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6541.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3M6
#16: タンパク質 Photosystem II 10 kDa polypeptide, chloroplastic


分子量: 14409.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P10690
#17: タンパク質 Photosystem II reaction center proteins PsbY, chloroplastic / L-arginine-metabolizing enzyme / L-AME


分子量: 20678.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P80470
#18: タンパク質
Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Photosystem II 44 kDa chlorophyll apoprotein / Protein CP-43


分子量: 51880.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06003
#19: タンパク質
Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39422.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06005, photosystem II
#22: タンパク質
Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein


分子量: 7735.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P05146
#23: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62103
#24: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4117.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3L2
#25: タンパク質
Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 6751.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12163
#26: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4498.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P60150
#27: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62112
#28: タンパク質
Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56207.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P04160

-
Oxygen-evolving enhancer protein ... , 3種, 12分子 OoOoOOPppPPPQqqQQQ

#2: タンパク質
Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / OEC 33 kDa subunit


分子量: 35207.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12359
#12: タンパク質
Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / OEE2 / 23 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 23 kDa thylakoid membrane ...OEE2 / 23 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 23 kDa thylakoid membrane protein / OEC 23 kDa subunit


分子量: 28495.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12302
#13: タンパク質
Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / OEE3 / 16 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / OEC 16 kDa subunit


分子量: 24884.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12301

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 5種, 26分子 RrRrRRSsSsSSYyGNYgnyGGNNYYGgNn112212333

#3: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 31046.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0HRF2
#4: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 31341.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IJF3
#9: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28433.391 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JBE4
#14: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28429.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A4F3R4
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28512.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBI Reference Sequence: XP_021861951.1 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J656

-
タンパク質 , 1種, 2分子 444

#11: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP24, chloroplastic


分子量: 27693.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P36494

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 8分子 EeEEEeFfFFFf

#20: タンパク質
Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69383
#21: タンパク質・ペプチド
Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4502.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P60128

-
糖 , 2種, 24分子

#43: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#44: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 16種, 757分子

#29: 化合物
ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#30: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#31: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#32: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#33: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#34: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#35: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#38: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#39: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#40: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#41: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#42: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#45: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#46: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII-LHCII megacomplex / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #16, #14-#15, #11, #17, #1, #28, #18-#21, #9, #22-#27, #2, #12-#13, #3-#8, #10
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93684 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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