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万見
- PDB-8z8z: Cryo-EM structure of LYCHOS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z8z
タイトルCryo-EM structure of LYCHOS
要素Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lysosome / GPCR-like / Transporter / Cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cholesterol / cholesterol binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / transmembrane transport / cognition / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Integral membrane protein GPR155, DEP domain / Membrane transport protein / Membrane transport protein / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / : / CHOLESTEROL / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Lysosomal cholesterol signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xiong, Q. / Zhu, Z. / Li, T. / Zhou, Z. / Chao, Y. / Qu, Q. / Li, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular architecture of human LYCHOS involved in lysosomal cholesterol signaling.
著者: Qi Xiong / Zhini Zhu / Tingting Li / Xiaotian Li / Zixuan Zhou / Yulin Chao / Chuanhui Yang / Suihan Feng / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Lysosomal membrane protein LYCHOS (lysosomal cholesterol signaling) translates cholesterol abundance to mammalian target of rapamycin activation. Here we report the 2.11-Å structure of human LYCHOS, ...Lysosomal membrane protein LYCHOS (lysosomal cholesterol signaling) translates cholesterol abundance to mammalian target of rapamycin activation. Here we report the 2.11-Å structure of human LYCHOS, revealing a unique fusion architecture comprising a G-protein-coupled receptor (GPCR)-like domain and a transporter domain that mediates homodimer assembly. The NhaA-fold transporter harbors a previously uncharacterized intramembrane Na pocket. The GPCR-like domain is stabilized, by analogy to canonical GPCRs, in an inactive state through 'tethered antagonism' by a lumenal loop and strong interactions at the cytosol side preventing the hallmark swing of the sixth transmembrane helix seen in active GPCRs. A cholesterol molecule and an associated docosahexaenoic acid (DHA)-phospholipid are entrapped between the transporter and GPCR-like domains, with the DHA-phospholipid occupying a pocket previously implicated in cholesterol sensing, indicating inter-domain coupling via dynamic lipid-protein interactions. Our work provides a high-resolution framework for functional investigations of the understudied LYCHOS protein.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月1日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年1月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年1月1日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年1月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年1月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
B: Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,04418
ポリマ－254,4262
非ポリマー8,61816
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Lysosomal cholesterol signaling protein,Fluorescent Protein / LYCHOS / G-protein coupled receptor PGR22


分子量: 127213.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1-3 is the initial methionine and GS linker. Residues 4-873 is LYCHOS (uniport ID Q7Z3F1). Residues 874-889 is the linker with a ...詳細: The protein is a fusion protein with expression tag. Residues 1-3 is the initial methionine and GS linker. Residues 4-873 is LYCHOS (uniport ID Q7Z3F1). Residues 874-889 is the linker with a 3 C protease digestion site. Residues 890-1114 is a thermostable green fluorescent protein fusion (PDB entry 4TZA, residue 5-229). Residues 1115-1144 is the linker with an expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: GPR155, PGR22 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3F1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 16分子

#3: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-A1L1C / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (4~{Z},7~{Z},10~{Z},13~{Z},16~{Z},19~{Z})-docosa-4,7,10,13,16,19-hexaenoate


分子量: 764.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LYCHOS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.127 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 0.001 % LMNG, 150 mM NaCl, 0.2 mM TECP, 50 mM Tris HCl pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.001 %lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
350 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochlorideTris-HCl1
40.2 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 355557 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0189590
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.16512966
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.5851600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0781528
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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