PDB-8z7d: Structure of G9a in complex with compound 9a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z7d

タイトル

Structure of G9a in complex with compound 9a

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

キーワード

TRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.581 Å

データ登録者

Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Ihara, K. / Shirouzu, M. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Structure-based development of novel substrate-type G9a inhibitors as epigenetic modulators for sickle cell disease treatment.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Matsuoka, S. / Maemoto, Y. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / ...

履歴

登録	2024年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z7d.cif.gz	256.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z7d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7d	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

ヘテロ分子

67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.534, 77.474, 66.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a 分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 化合物	ChemComp-A1L08 / 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[(phenylmethyl)amino]hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide 分子量: 423.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 78028 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.58-1.61	3.5	0.64	3826	0.757	0.928	0.4	0.756	0.96	97.9
1.61-1.64	3.5	0.517	3835	0.823	0.95	0.32	0.609	0.954	98.5
1.64-1.67	3.6	0.462	3873	0.858	0.961	0.284	0.543	1.001	97.9
1.67-1.7	3.6	0.412	3856	0.869	0.964	0.254	0.485	1.039	98.7
1.7-1.74	3.6	0.314	3876	0.926	0.98	0.193	0.369	1.035	98.8
1.74-1.78	3.6	0.279	3837	0.932	0.982	0.171	0.328	1.052	98.4
1.78-1.82	3.6	0.237	3869	0.95	0.987	0.145	0.278	1.042	98.5
1.82-1.87	3.6	0.202	3909	0.96	0.99	0.124	0.238	1.099	99.4
1.87-1.93	3.6	0.168	3887	0.973	0.993	0.104	0.198	1.082	99.2
1.93-1.99	3.6	0.14	3864	0.978	0.994	0.086	0.164	1.085	99.1
1.99-2.06	3.6	0.12	3896	0.985	0.996	0.073	0.141	1.034	99.3
2.06-2.14	3.6	0.104	3916	0.987	0.997	0.064	0.122	1.015	99.3
2.14-2.24	3.6	0.087	3919	0.991	0.998	0.053	0.103	1.054	99.5
2.24-2.36	3.6	0.08	3912	0.99	0.998	0.049	0.094	1.057	99.4
2.36-2.51	3.6	0.078	3919	0.992	0.998	0.047	0.091	1.02	99.8
2.51-2.7	3.6	0.078	3929	0.989	0.997	0.048	0.092	1.073	99.8
2.7-2.97	3.6	0.084	3959	0.987	0.997	0.051	0.098	1.016	99.9
2.97-3.4	3.6	0.076	3933	0.989	0.997	0.046	0.089	1.064	99.9
3.4-4.29	3.6	0.06	3971	0.992	0.998	0.036	0.07	1.079	99.9
4.29-50	3.6	0.068	4042	0.981	0.995	0.042	0.08	1.079	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1690	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.581→37.846 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1833	3914	5.02 %
R_work	0.1582	-	-
obs	0.1595	77990	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.581→37.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4312	0	124	614	5050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	6309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.803	1746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.581-1.6003	0.2731	131	0.2243	2546	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6003-1.6205	0.2575	161	0.2249	2571	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6205-1.6419	0.27	137	0.2151	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6419-1.6643	0.2377	143	0.2119	2599	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6643-1.6881	0.2719	128	0.2042	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6881-1.7133	0.26	141	0.1974	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7133-1.7401	0.2105	118	0.1839	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7401-1.7686	0.2045	108	0.1766	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7686-1.7991	0.198	161	0.1713	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7991-1.8318	0.1942	153	0.1663	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8318-1.8671	0.1877	136	0.1699	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8671-1.9052	0.2011	129	0.1554	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9052-1.9466	0.1687	146	0.1566	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9466-1.9919	0.211	135	0.1571	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9919-2.0417	0.1745	124	0.154	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0417-2.0969	0.19	167	0.1546	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0969-2.1586	0.21	124	0.155	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1586-2.2283	0.1866	143	0.163	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2283-2.3079	0.1855	146	0.1524	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3079-2.4003	0.1906	145	0.1555	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4003-2.5095	0.2006	159	0.158	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5095-2.6418	0.1693	146	0.1574	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6418-2.8072	0.1755	127	0.157	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8072-3.0239	0.1999	110	0.1612	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0239-3.328	0.1558	157	0.1523	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.328-3.8092	0.165	153	0.1368	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8092-4.7977	0.1414	138	0.1274	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7977-37.846	0.1807	148	0.1717	2739	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0168	4.9547	4.1198	5.8175	3.377	5.7572	-0.0366	0.0674	0.091	0.0574	0.1358	-0.3703	-0.1069	0.3197	-0.1127	0.1485	0.0306	0.0033	0.1045	-0.0251	0.1678	37.643	14.5783	167.35
2	2.4711	3.8429	2.6467	5.9634	3.9685	2.8011	-0.0464	0.0868	-0.2107	-0.026	0.3076	-0.4519	0.0229	0.2954	-0.268	0.1451	0.0349	0.007	0.1539	-0.0243	0.191	41.8643	7.4308	168.8644
3	1.7893	-0.2042	0.2601	1.9039	0.5444	1.9424	-0.0666	-0.4531	0.1174	0.2634	0.02	0.1751	-0.0891	-0.4499	0.0263	0.2058	0.0326	0.0286	0.2715	0.0001	0.1328	10.1001	0.6132	172.5707
4	1.7712	0.7812	0.3195	1.1546	0.231	1.0594	0.0093	-0.1639	0.0195	0.1322	0.0235	-0.0588	0.0508	-0.0212	-0.0165	0.1523	0.0375	-0.007	0.1126	-0.0242	0.1106	30.572	5.5649	175.1933
5	1.4923	-0.0024	1.1803	5.0543	-0.1043	4.2949	0.1406	-0.2089	-0.28	0.3243	0.0852	-0.1452	0.5935	0.0362	-0.1131	0.2391	0.0307	-0.0428	0.1044	-0.0007	0.2017	31.9484	-8.8931	174.0867
6	1.717	0.5835	0.7258	0.9759	0.3495	1.1407	0.0491	-0.3046	0.1272	0.1736	-0.0416	0.0287	0.0076	-0.1605	-0.0144	0.1706	0.0305	0.0067	0.128	-0.0121	0.1042	25.9437	2.789	179.3917
7	4.6049	0.3007	0.0937	3.5066	-1.6984	6.0834	0.1525	-0.7927	-0.4052	0.5739	-0.1538	-0.1023	0.3578	-0.0266	0.0142	0.343	0.0145	-0.0645	0.2851	0.0479	0.2023	40.2177	-3.0974	193.7559
8	6.5617	-1.9695	4.7388	3.64	-1.0349	6.4443	-0.2974	-0.6318	0.4089	0.1556	0.1817	0.3783	-0.3146	-0.7424	0.1662	0.2031	0.0347	0.016	0.1876	-0.0207	0.2507	1.0003	12.3193	153.4748
9	6.8364	-2.8475	3.9191	2.1441	-1.661	2.2509	-0.1645	-0.2988	0.1286	0.1034	0.2003	0.2006	-0.1193	-0.2844	-0.0705	0.1159	0.005	0.0235	0.1828	0.0203	0.1935	-3.4534	5.3324	150.8926
10	2.7465	1.0207	1.8622	0.9452	0.209	1.5493	-0.0953	0.0538	-0.4111	0.0047	0.1404	-0.041	0.034	-0.021	-0.0095	0.19	0.0017	0.0229	0.1004	0.0174	0.1584	20.6481	-10.1145	156.3414
11	3.4249	-0.1975	0.9442	3.2861	-0.2985	3.9074	-0.1078	0.4353	0.2535	-0.2676	0.051	-0.0136	-0.0621	-0.0582	0.063	0.1123	-0.0128	0.0161	0.161	0.0325	0.121	30.9563	4.8129	144.5601
12	2.5312	-0.3809	0.5445	0.7896	-0.1046	1.4854	-0.0213	0.1535	0.2663	-0.0212	0.0322	0.098	0.0206	-0.0397	-0.0272	0.116	-0.016	0.0129	0.1218	0.0412	0.1225	8.0741	4.8144	144.6043
13	3.1303	-0.3367	1.1492	1.5477	-0.8813	1.8092	0.0452	0.2685	-0.1457	-0.1581	0.0322	0.0473	0.2032	0.0016	-0.058	0.1595	-0.0182	0.0068	0.1159	0.0026	0.1086	12.0289	-4.6119	143.7202
14	1.7841	0.6203	-1.0674	1.4671	0.8074	2.306	-0.0013	0.6849	0.5743	-0.4842	0.0592	0.1935	-0.3574	0.0109	-0.0368	0.1994	-0.0203	-0.0261	0.2821	0.1414	0.2538	8.3569	9.5775	134.8955
15	4.4327	-0.4245	0.2863	4.1121	-0.4194	5.4339	-0.0383	0.8494	-0.0671	-0.5604	-0.1112	0.0521	0.3335	0.2665	0.1089	0.3428	-0.0345	-0.0511	0.3764	0.0328	0.1719	0.1624	-4.8623	126.0747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 916:935 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 936:954 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 955:1030 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 1031:1079 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 1080:1106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 1107:1155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 1156:1189 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 917:935 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 936:954 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 955:970 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 971:1030 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 1031:1079 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 1080:1140 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 1141:1155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 1156:1189 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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