PDB-8z7e: Structure of G9a in complex with compound 9b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z7e

タイトル

Structure of G9a in complex with compound 9b

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

キーワード

TRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.545 Å

データ登録者

Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Ihara, K. / Shirouzu, M. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Structure-based development of novel substrate-type G9a inhibitors as epigenetic modulators for sickle cell disease treatment.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Matsuoka, S. / Maemoto, Y. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / ...

履歴

登録	2024年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z7e.cif.gz	255.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z7e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7e	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.815, 73.956, 77.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a 分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 化合物	ChemComp-A1L09 / ~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]methylamino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide 分子量: 480.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.545→50 Å / Num. obs: 92904 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.55-1.58	3.7	0.646	4640	0.694	0.905	0.397	0.76	0.957
1.58-1.61	3.7	0.565	4605	0.756	0.928	0.343	0.662	0.983
1.61-1.64	3.7	0.493	4601	0.81	0.946	0.298	0.578	1.019
1.64-1.67	3.8	0.427	4650	0.839	0.955	0.257	0.5	1.061
1.67-1.71	3.8	0.353	4566	0.882	0.968	0.213	0.414	1.009
1.71-1.75	3.8	0.296	4662	0.918	0.979	0.178	0.346	1.079
1.75-1.79	3.8	0.25	4627	0.935	0.983	0.15	0.292	1.072
1.79-1.84	3.8	0.213	4658	0.957	0.989	0.128	0.249	1.05
1.84-1.89	3.8	0.19	4613	0.962	0.99	0.114	0.222	1.075
1.89-1.95	3.8	0.155	4620	0.971	0.993	0.093	0.182	1.066
1.95-2.02	3.8	0.13	4660	0.977	0.994	0.078	0.152	1.042
2.02-2.1	3.8	0.116	4610	0.979	0.995	0.07	0.136	1.056
2.1-2.2	3.8	0.107	4663	0.983	0.996	0.064	0.125	1.056
2.2-2.32	3.8	0.097	4624	0.986	0.997	0.058	0.114	1.082
2.32-2.46	3.8	0.1	4657	0.983	0.996	0.059	0.116	1.083
2.46-2.65	3.8	0.106	4658	0.98	0.995	0.063	0.123	1.07
2.65-2.92	3.8	0.104	4649	0.981	0.995	0.062	0.121	1.086
2.92-3.34	3.8	0.087	4699	0.985	0.996	0.051	0.101	1.082
3.34-4.21	3.8	0.073	4654	0.988	0.997	0.043	0.085	0.962
4.21-50	3.8	0.075	4788	0.973	0.993	0.045	0.087	1.053

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1690	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.545→44.192 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1949	9115	4.99 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1684	92877	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.545→44.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4334	0	132	734	5200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	6168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.147	1712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	805

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.545-1.5626	0.2982	249	0.2802	5234	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5626-1.581	0.2964	301	0.2715	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.6003	0.2925	289	0.2718	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6003-1.6205	0.2845	321	0.2596	5800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6205-1.6418	0.2816	314	0.2483	5818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6418-1.6643	0.2686	308	0.2388	5791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6643-1.6881	0.2662	275	0.2282	5766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6881-1.7133	0.252	282	0.2266	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7133-1.7401	0.2418	291	0.2099	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7401-1.7686	0.2451	360	0.2034	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7686-1.7991	0.1932	283	0.1908	5809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7991-1.8318	0.1902	309	0.1885	5853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8318-1.8671	0.208	342	0.1949	5742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8671-1.9052	0.2011	289	0.1743	5825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9052-1.9466	0.2168	321	0.1725	5804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9466-1.9919	0.1851	293	0.1629	5813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9919-2.0417	0.1764	300	0.1706	5785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0417-2.0969	0.1905	330	0.1741	5805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0969-2.1586	0.2087	281	0.1718	5849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1586-2.2283	0.1735	292	0.1649	5797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2283-2.3079	0.1756	304	0.1564	5810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3079-2.4003	0.2179	306	0.1692	5820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4003-2.5095	0.2146	324	0.1687	5791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5095-2.6418	0.2025	316	0.1678	5805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6418-2.8073	0.1987	321	0.1663	5802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8073-3.024	0.1954	261	0.1605	5832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.3282	0.1711	298	0.152	5861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3282-3.8096	0.1593	351	0.1381	5746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8096-4.7988	0.1688	303	0.1252	5791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7988-44.192	0.1717	301	0.1481	5816	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.484	-0.5689	0.4687	7.3047	-5.1446	3.6278	0.0395	-0.1884	-0.2509	0.2515	0.1309	0.5992	0.1182	-0.5007	-0.1831	0.1698	-0.0418	0.0236	0.2073	-0.0324	0.3194	124.0246	2.6152	123.8932
2	3.5203	-4.8992	3.9213	6.8691	-5.5001	4.4979	-0.2522	-0.5622	-0.4509	0.5611	0.5233	0.499	-0.1412	-0.535	-0.2873	0.2221	-0.0115	0.0335	0.2142	0.0557	0.2176	123.8017	6.9476	131.6718
3	1.4096	1.4025	-1.7794	3.2218	-5.2251	9.0001	-0.0358	0.0402	0.0749	0.0531	0.1868	0.1343	-0.2232	-0.1995	-0.1601	0.1289	0.0035	-0.0165	0.1264	-0.013	0.1686	119.7406	28.475	112.7949
4	3.8945	-1.6868	1.6526	2.5754	-1.999	3.4604	0.0501	0.1692	0.1321	-0.0897	-0.0861	-0.3332	-0.0018	0.3816	0.0232	0.1172	-0.0244	0.0341	0.1439	-0.0327	0.1798	139.8754	22.1039	104.8912
5	0.7272	0.067	-0.271	1.8509	-3.0138	7.5359	-0.0479	0.0075	-0.117	-0.0503	0.0203	-0.1079	0.2122	-0.0875	0.017	0.1178	0.0092	-0.0094	0.1183	-0.0063	0.1865	132.7499	11.0007	115.8415
6	1.32	-0.6178	-0.0608	2.2267	-0.0556	1.8518	-0.0265	-0.0535	-0.0592	0.0746	0.0232	-0.0659	0.0411	0.0126	0.0044	0.0758	0.004	-0.0093	0.1	0.0074	0.1254	133.2734	13.099	122.4363
7	4.4893	-4.4203	0.9417	5.7905	0.1669	1.5735	-0.3752	-0.5741	0.3452	0.6913	0.4232	0.0213	-0.4688	-0.3131	-0.0548	0.2692	0.087	-0.0088	0.2313	-0.0215	0.1839	124.8859	27.9285	131.7604
8	0.9969	-0.2683	0.4531	1.4251	-1.0318	2.2642	-0.0782	-0.0976	0.1577	0.2289	0.039	-0.0744	-0.3114	-0.0294	0.0275	0.1303	0.013	-0.0068	0.0991	-0.0301	0.1355	131.3906	23.4131	121.977
9	1.6651	0.527	-0.2845	3.7466	1.9816	4.59	-0.0777	-0.2338	0.0222	0.2084	0.0805	-0.2404	-0.1315	0.2153	-0.014	0.1321	0.0191	-0.0555	0.1708	0.0151	0.1526	140.082	17.3538	130.2815
10	4.1474	1.7159	0.5663	4.5925	1.1478	3.7642	0.2026	-0.0783	0.0548	0.2834	-0.1229	-0.297	-0.4102	0.2998	-0.0818	0.3382	-0.0292	-0.0814	0.3171	0.0408	0.1946	145.3075	23.4702	143.425
11	1.049	0.168	0.1113	1.9775	0.6966	4.797	-0.1041	0.4061	-0.1031	-0.5266	-0.0307	-0.3421	-0.0377	0.4263	0.1266	0.2047	-0.0336	0.0807	0.2722	-0.0012	0.1994	121.6576	14.5488	87.8498
12	1.7854	0.6583	-3.3141	0.2392	-1.1245	9.1175	0.1882	-0.1304	0.2223	0.1834	0.0917	0.0952	-0.8429	0.0753	-0.2309	0.2232	0.0066	0.0135	0.1721	-0.034	0.2252	113.1441	26.0231	110.3371
13	1.4342	1.0398	1.1572	2.2834	1.6893	4.5609	0.2341	-0.4249	-0.3023	0.445	-0.2298	0.1885	0.5763	-0.4915	-0.033	0.2146	-0.0682	0.0169	0.2485	0.0831	0.2896	102.62	4.6068	113.9796
14	3.9871	1.2597	3.508	3.3693	0.3992	7.8415	0.0462	-0.1431	-0.1293	0.0612	0.0473	0.1416	-0.0401	-0.2466	-0.1124	0.0785	-0.0102	0.0494	0.1447	0.0328	0.149	104.65	9.9826	111.0746
15	1.4384	0.265	0.1618	1.6569	0.0647	3.0371	-0.0533	0.1285	-0.0813	-0.2744	0.0359	-0.0902	0.0813	0.0844	0.0196	0.1012	-0.0176	0.0213	0.1211	-0.0129	0.1276	110.9989	12.4247	94.7763
16	5.5872	-0.811	0.8282	5.8227	0.0595	4.0365	-0.1813	0.1861	0.5258	-0.3007	-0.0077	0.269	-0.5659	-0.1684	0.0877	0.2147	-0.0188	-0.0559	0.1015	0.0061	0.1499	107.4835	26.8883	95.2137
17	1.3546	0.0035	0.9433	1.3776	0.2966	4.7539	-0.083	-0.0073	-0.0036	-0.0932	0.0361	0.1376	-0.0591	-0.1891	0.0506	0.0865	-0.0129	0.0105	0.0835	0.0055	0.1261	105.397	15.6903	99.1177
18	3.5727	-0.9759	1.2163	3.0959	-2.1209	3.9083	-0.1166	0.2164	-0.1218	-0.3661	0.2024	0.3217	0.08	-0.1473	-0.0532	0.1852	-0.067	-0.0485	0.1823	-0.0179	0.1272	101.311	13.174	87.7791
19	5.128	1.0521	0.2447	2.8089	-0.1585	3.8091	-0.0424	0.3279	0.0903	-0.1234	0.0943	0.2723	-0.199	-0.5487	-0.0556	0.3656	-0.077	-0.1227	0.3895	0.0554	0.212	92.3197	19.0355	78.1557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 919 through 934 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 935 through 954 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 955 through 970 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 971 through 1021 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1022 through 1049 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1050 through 1073 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1074 through 1088 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1089 through 1140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1141 through 1162 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1163 through 1191 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 923 through 953 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 954 through 970 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 971 through 1005 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1006 through 1025 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1026 through 1079 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1080 through 1106 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1107 through 1140 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1141 through 1162 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 1163 through 1189 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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