PDB-8z7c: Structure of G9a in complex with compound 7i

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z7c

タイトル

Structure of G9a in complex with compound 7i

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

キーワード

TRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Ihara, K. / Shirouzu, M. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Structure-based development of novel substrate-type G9a inhibitors as epigenetic modulators for sickle cell disease treatment.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Matsuoka, S. / Maemoto, Y. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / ...

履歴

登録	2024年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z7c.cif.gz	144.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z7c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/8z7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z7dC 8z7eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#250 - 2020年10月
カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.452, 77.349, 66.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a 分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 化合物	ChemComp-A1L07 / 3,6,6-trimethyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenyl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide 分子量: 522.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 172858 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.973 / Net I/av σ(I): 10.7 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.52-1.55	1.8	0.53	1.4	8436	0.703	0.909	0.464	0.707	0.958	98
1.55-1.57	1.9	0.476	1.6	8648	0.753	0.927	0.418	0.636	1.02	99.2
1.57-1.6	1.9	0.41	1.9	8525	0.804	0.944	0.364	0.55	1.013	99.4
1.6-1.64	1.9	0.345	2.5	8583	0.88	0.968	0.307	0.464	1.127	99.1
1.64-1.67	1.9	0.299	2.7	8685	0.883	0.968	0.267	0.402	1.091	99.6
1.67-1.71	1.9	0.254	3.2	8693	0.899	0.973	0.226	0.341	1.009	99.7
1.71-1.75	1.9	0.195	4.2	8599	0.941	0.985	0.174	0.262	1.049	99.8
1.75-1.8	1.9	0.17	4.8	8642	0.947	0.986	0.151	0.228	1.027	99.9
1.8-1.86	1.9	0.138	5.7	8701	0.961	0.99	0.124	0.187	1.001	99.9
1.86-1.92	1.9	0.112	7.2	8618	0.977	0.994	0.101	0.151	1.039	100
1.92-1.98	1.9	0.089	8.2	8703	0.983	0.996	0.08	0.12	0.918	100
1.98-2.06	1.9	0.073	9.6	8589	0.988	0.997	0.065	0.098	0.882	100
2.06-2.16	1.9	0.063	10.7	8777	0.99	0.997	0.057	0.086	0.846	100
2.16-2.27	1.9	0.058	11.8	8667	0.99	0.997	0.053	0.079	0.878	100
2.27-2.41	1.9	0.062	12.6	8664	0.986	0.997	0.057	0.084	1.063	99.9
2.41-2.6	1.9	0.068	11.5	8645	0.983	0.996	0.063	0.093	1.177	100
2.6-2.86	1.9	0.072	10.4	8656	0.977	0.994	0.066	0.098	1.095	100
2.86-3.27	2	0.056	11.8	8686	0.988	0.997	0.053	0.077	0.903	100
3.27-4.13	2	0.033	18.5	8682	0.995	0.999	0.031	0.045	0.779	99.9
4.13-50	2	0.032	18.8	8659	0.992	0.998	0.03	0.044	0.63	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1690	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→33.424 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	8629	5.01 %
R_work	0.1744	-	-
obs	0.1755	172397	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→33.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4278	0	138	626	5042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	6132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.526	1710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	798

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.5373	0.2643	271	0.285	5300	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5373-1.5554	0.302	284	0.2817	5415	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5554-1.5743	0.3021	284	0.2723	5421	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5743-1.5943	0.2765	285	0.2604	5429	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5943-1.6152	0.2559	328	0.2505	5480	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6152-1.6374	0.2933	268	0.2493	5355	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6374-1.6607	0.2648	312	0.2313	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6607-1.6855	0.2606	265	0.2266	5437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6855-1.7119	0.2544	289	0.223	5539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7119-1.7399	0.2365	241	0.2092	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7399-1.7699	0.2059	248	0.2033	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.8021	0.2109	330	0.1974	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8021-1.8368	0.2218	315	0.1867	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8368-1.8743	0.2126	271	0.1867	5575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8743-1.915	0.2122	270	0.1798	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.915-1.9596	0.2093	315	0.1773	5489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9596-2.0086	0.2129	268	0.1761	5492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0086-2.0629	0.2089	291	0.1788	5430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0629-2.1236	0.2028	300	0.1686	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1236-2.1921	0.1819	297	0.1703	5462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2704	0.1936	284	0.1647	5510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2704-2.3613	0.1739	291	0.164	5466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3613-2.4687	0.2151	335	0.1723	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4687-2.5988	0.1915	295	0.1755	5477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5988-2.7616	0.2309	255	0.1739	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7616-2.9747	0.1784	247	0.1704	5549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9747-3.2738	0.175	302	0.1632	5419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2738-3.747	0.1615	315	0.1484	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.747-4.7187	0.1418	288	0.134	5460	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7187-33.424	0.1968	285	0.1641	5480	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)