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万見
- PDB-8z77: The structure of thiocyanate dehydrogenase from Pelomicrobium met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z77
タイトルThe structure of thiocyanate dehydrogenase from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH), activated by crystals soaking with 1 mM CuCl2 and Na ascorbate during 12 hours
要素Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thiocyanate dehydrogenase / Copper incorporation in the active site / Copper enzyme / trinuclear copper center / Activation by crystals soaking / pmTcDH / Pelomicrobium methylotrophicum / Conformational changes in a crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pelomicrobium methylotrophicum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Minyaev, M.E. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2025
タイトル: Effect of Copper Ions on the Crystal Packing and Conformation of Thiocyanate Dehydrogenase in the Crystal Structure
著者: Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Minyaev, M.E. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
B: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
C: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,97614
ポリマ－162,2803
非ポリマー69611
水11,746652
1
A: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
B: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6309
ポリマ－108,1872
非ポリマー4437
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA
2
C: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
ヘテロ分子

C: Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,69210
ポリマ－108,1872
非ポリマー5058
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_754-x+2,y,-z-1/21
Buried area5280 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.087, 101.987, 276.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-814-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Twin-arginine translocation signal domain-containing protein


分子量: 54093.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pelomicrobium methylotrophicum (バクテリア)
遺伝子: FR698_09980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C7ETD9
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% PEG 8000, 8% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.71 Å / Num. obs: 93349 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 1212793
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Num. measured all: 45717 / Num. unique obs: 4421 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.179 / Rrim(I) all: 0.589 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 4.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8Q9X

8q9x


解像度: 2→23.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.21 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22198 4635 5 %RANDOM
Rwork0.17454 ---
obs0.1769 88670 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→23.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10809 0 17 652 11478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01211178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3181.6415177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.95951388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80322.203522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.619151751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.141556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.028582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1381.1855561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7341.7716946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6881.3155617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.16216.54817432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A153760.09
12B153760.09
21A154150.08
22C154150.08
31B154120.08
32C154120.08
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 333 -
Rwork0.219 6289 -
obs--96.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60040.0789-0.13590.2542-0.18670.51910.0294-0.01360.0081-0.0182-0.00360.0318-0.0081-0.0171-0.02580.06760.0108-0.0040.0033-0.00020.0057-5.9589-28.5196-13.2966
20.79240.174-0.18490.40150.05730.42160.0264-0.0042-0.06360.0057-0.012-0.0520.00930.0572-0.01440.03430.0262-0.00870.04040.00630.022532.8715-26.1804-32.6545
30.56830.0302-0.12530.3676-0.02070.736-0.010.03040.01950.0025-0.00880.0229-0.0881-0.09960.01880.01240.0163-0.00470.0507-0.01380.006178.2547-25.0115-59.8824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A50 - 513
2X-RAY DIFFRACTION2B50 - 602
3X-RAY DIFFRACTION3C51 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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