[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8z75: The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase from Pel... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8z75 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH) | ||||||
![]() | Twin-arginine translocation signal domain-containing protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Thiocyanate dehydrogenase / Copper enzyme / Non-activated form / Pelomicrobium methylotrophicum / pmTcDH | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of non-activated thiocyanate dehydrogenase from Pelomicrobium methylotrophicum (pmTcDH) Authors: Varfolomeeva, L.A. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Dergousova, N.I. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 314 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 247.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 97.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8q9xS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 54093.301 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: FR698_09980 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1342 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.44 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 21% PEG 8000, 8% Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. obs: 243938 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 20.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8Q9X Resolution: 1.45→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.216 / SU ML: 0.046 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.067 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.081 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.45→49.04 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|