PDB-8z6c: Crystal structure of HDGFRP2 PWWP domain in complex with 4-(4-bro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z6c

タイトル

Crystal structure of HDGFRP2 PWWP domain in complex with 4-(4-bromo-1H-pyrazol-3-yl) pyridine

要素

Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / PWWP domain / hit

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K27me3 reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell differentiation / muscle organ development / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / histone reader activity / positive regulation of cell growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Wei, X. / Ruan, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based discovery of small molecule inhibitors of the HDGFRP2 PWWP domain
著者: Wei, X. / Ruan, K.

履歴

登録	2024年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z6c.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z6c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z6oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

C: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

33.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.140, 42.371, 159.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / HDGF-related protein 2 / HRP-2 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2 分子量: 10657.184 Da / 分子数: 3 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL2, HDGF2, HDGFRP2, HRP2, UNQ785/PRO1604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z4V5
#2: 化合物	ChemComp-A1D73 / 4-(4-bromanyl-1~{H}-pyrazol-3-yl)pyridine 分子量: 224.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆BrN₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M magnesium sulfate heptahydrate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→42.37 Å / Num. obs: 21227 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / R_merge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1428 / CC_1/2: 0.898 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→37.4 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	1003	4.75 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1912	21126	94.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→37.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2183	0	61	153	2397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	3180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.172	297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-2.03	0.2744	150	0.2256	2893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.16	0.2519	145	0.1924	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.33	0.2802	79	0.2187	1985	X-RAY DIFFRACTION	66
2.33-2.56	0.2793	190	0.2124	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.2603	134	0.2148	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.69	0.2399	150	0.1829	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-37.4	0.1909	155	0.1661	3221	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7844	0.3828	-1.2324	1.6999	1.4239	3.5361	0.0103	-0.0947	0.1576	0.0078	0.1141	-0.1832	0.009	0.1443	-0.094	0.0835	0.0165	-0.0109	0.1756	-0.0031	0.1444	18.6235	6.7711	1.4579
2	8.694	0.7485	-5.3634	3.5744	-0.3586	7.9438	0.1843	-0.4774	0.1773	0.4479	0.0435	0.0166	-0.2173	0.0511	-0.1896	0.3263	0.0098	0.0291	0.3717	0.0029	0.2119	15.0581	7.8356	16.1344
3	5.3969	1.6487	0.9553	4.1378	1.2798	3.8958	0.1652	0.2816	-0.1859	-0.0411	0.0676	-0.267	0.1988	0.1877	-0.2382	0.1007	0.0466	-0.0171	0.1467	-0.0087	0.1691	18.3464	3.2991	-0.6861
4	7.7239	-2.8881	-0.6277	8.2901	3.8215	3.9593	0.1724	-0.1055	-0.4524	-0.0163	0.0043	0.5101	0.1818	-0.1243	-0.0983	0.1192	-0.0223	-0.0476	0.1263	0.008	0.2027	7.3491	1.5956	-3.0191
5	5.0491	-0.7811	-0.363	4.6832	-0.7537	4.0687	-0.0737	0.1498	-0.266	0.103	0.0842	0.4977	-0.0836	-0.4867	0.0105	0.2918	0.0235	0.0877	0.2031	0.0054	0.2296	-0.7578	5.8135	34.9313
6	3.3755	-0.6334	5.271	0.1371	-0.8829	8.5232	-0.1745	-0.0873	0.5748	-0.0055	1.1422	2.0352	-0.1205	-1.5753	-0.6697	0.3697	0.0644	-0.0006	0.9153	0.3405	0.7915	-13.6805	9.7719	31.4335
7	4.9834	0.27	-1.0152	5.4749	-1.0862	1.612	-0.0322	-0.0465	0.0387	0.1263	0.1578	-0.1772	-0.0313	-0.0738	-0.0764	0.3124	0.0291	0.0547	0.1984	-0.0345	0.1758	0.7929	5.4689	34.4127
8	3.692	0.1049	-1.5725	2.6759	2.1429	5.4156	0.1387	0.2268	0.3964	-0.6272	0.0106	-0.4336	-0.6757	0.2874	-0.128	0.3268	-0.0273	0.1036	0.2287	0.0231	0.2385	8.4592	13.5057	31.3685
9	6.0211	0.6972	-1.4269	3.264	0.9189	5.034	-0.7148	-0.502	-0.3563	0.6941	0.3579	0.3045	0.1293	-0.3729	0.3029	0.3577	0.0938	0.0886	0.3256	-0.0004	0.2658	19.6053	-13.0801	21.3082
10	2.5662	-1.4729	-1.9907	2.3692	2.2532	2.5281	0.0527	-0.1744	-0.2623	1.042	-0.4248	-0.0894	0.4373	1.1858	0.1163	0.7308	0.0222	0.0297	0.942	0.0494	0.5101	21.4137	-7.1299	35.5652
11	8.1342	-1.1677	-3.3903	3.9588	2.3211	6.7115	-0.4894	-0.5252	-0.3448	0.3246	0.387	0.3548	0.5549	0.0184	0.0777	0.3213	0.0614	0.0614	0.2992	0.0422	0.2925	19.7758	-13.3483	21.3761
12	5.7162	-0.491	-2.4276	5.8409	2.3614	8.1432	-0.2982	-0.1811	-0.1079	0.0715	0.4008	-0.4043	-0.1712	0.2678	-0.0991	0.2415	0.0104	0.0893	0.243	-0.0136	0.2287	27.6861	-15.7326	12.1456
13	7.325	1.594	-2.0069	3.4369	-0.8786	8.8224	-1.4066	-1.8538	0.189	1.3015	0.6119	-0.6745	0.5183	0.8908	0.5913	0.732	0.3909	-0.0804	0.6742	-0.0036	0.4974	31.926	-19.6507	24.2701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 25 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 68 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 25 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 26 through 38 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 39 through 68 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 69 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 87 through 92 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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