PDB-8z4h: Pseudomurein Endoisopeptidase PeiR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z4h

タイトル

Pseudomurein Endoisopeptidase PeiR

要素

Endoisopeptidase PeiR

キーワード

HYDROLASE / Methanogenic archaea / pseudomurein / endopeptidases

機能・相同性

Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / peptidase activity / proteolysis / ATP binding / membrane / Endoisopeptidase PeiR

機能・相同性情報

生物種

Methanobrevibacter ruminantium M1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Guo, L.Z. / Wang, S.X. / Bai, L.p.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomurein Endoisopeptidase PeiR
著者: Guo, L.Z. / Wang, S.X. / Bai, L.p.

履歴

登録	2024年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z4h.cif.gz	198.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z4h.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoisopeptidase PeiR

B: Endoisopeptidase PeiR

C: Endoisopeptidase PeiR

D: Endoisopeptidase PeiR

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Endoisopeptidase PeiR

C: Endoisopeptidase PeiR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Endoisopeptidase PeiR

D: Endoisopeptidase PeiR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.828, 86.916, 87.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoisopeptidase PeiR 分子量: 26271.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobrevibacter ruminantium M1 (古細菌) 遺伝子: peiR, mru_0320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DZZ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Precipitant:25% w/v Polyethylene glycol 3,350; Buffer:0.1 M HEPES pH 7.5; Salt :0.2 M Ammonium sulfate;

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→73.79 Å / Num. obs: 95039 / % possible obs: 90.86 % / 冗長度: 2.77 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.0676 / Net I/σ(I): 5.05
反射シェル	解像度: 1.79→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.7698 / Num. unique obs: 4647

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→73.79 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2852	4674	4.93 %
R_work	0.2531	-	-
obs	0.2546	94808	90.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→73.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7371	0	0	453	7824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.031	7557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	3.858	10194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.114	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.254	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.033	1299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.81	0.5542	135	0.5244	2398	X-RAY DIFFRACTION	74
1.81-1.83	0.5092	129	0.5077	2625	X-RAY DIFFRACTION	79
1.83-1.86	0.4991	137	0.4742	2885	X-RAY DIFFRACTION	87
1.86-1.88	0.4664	132	0.4641	2855	X-RAY DIFFRACTION	87
1.88-1.9	0.4641	94	0.453	2042	X-RAY DIFFRACTION	61
1.9-1.93	0.4576	84	0.4434	2381	X-RAY DIFFRACTION	71
1.93-1.96	0.5021	118	0.44	2215	X-RAY DIFFRACTION	68
1.96-1.99	0.4092	175	0.3687	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.3933	170	0.3529	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.3718	178	0.3558	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.4225	122	0.3603	2426	X-RAY DIFFRACTION	75
2.09-2.12	0.333	179	0.3236	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.3595	197	0.3086	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.3309	194	0.2894	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.3051	148	0.2822	2583	X-RAY DIFFRACTION	79
2.26-2.31	0.2947	190	0.2656	3257	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.37	0.3107	198	0.2776	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.3213	170	0.2625	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.5	0.321	170	0.2479	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.58	0.2894	151	0.2461	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.66	0.2827	154	0.2471	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.78	0.3013	200	0.2522	3208	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.91	0.2973	176	0.2532	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.06	0.277	133	0.2348	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.26	0.3012	154	0.232	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.51	0.2309	130	0.2254	2941	X-RAY DIFFRACTION	88
3.51-3.86	0.2614	139	0.2075	2999	X-RAY DIFFRACTION	90
3.86-4.42	0.1931	139	0.1768	3041	X-RAY DIFFRACTION	90
4.42-5.57	0.211	198	0.1775	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
5.57-10	0.2119	180	0.2119	3351	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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