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万見
- PDB-8z3s: Activation mechanism and novel binding site of the BKCa channel a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z3s
タイトルActivation mechanism and novel binding site of the BKCa channel activator CTIBD
要素Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BKca channel / Slo1 / CTIBD
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / caveola / regulation of membrane potential / potassium ion transport / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / : / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lee, N. / Kim, S. / Jo, H. / Lee, N.Y. / Jin, M.S. / Park, C.S.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063908 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1005532 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A6A3A01086747 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation mechanism and novel binding site of the BKCa channel activator CTIBD
著者: Lee, N. / Kim, S. / Jo, H. / Lee, N.Y. / Jeong, P. / Pagire, H.S. / Pagire, S.H. / Ahn, J.H. / Jin, M.S. / Park, C.S.
履歴
登録2024年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
B: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
C: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
D: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,37628
ポリマ－502,1664
非ポリマー5,21024
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA) ...BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA)alpha / KCa1.1 / Maxi K channel / MaxiK / Slo-alpha / Slo1 / Slowpoke homolog / Slo homolog / hSlo


分子量: 125541.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, KCNMA, SLO / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12791
#2: 化合物
ChemComp-A1L04 / 4-[4-(4-chlorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1,2-oxazol-5-yl]benzene-1,3-diol


分子量: 355.696 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9ClF3NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTi / プラスミド: pEG Bacman
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
2450 mMPotassium chlorideKCl1
310 mMCalcium chlorideCaCl21
40.01 %Glyco-diosgeninGDN1
50.045 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-glycero-3-phosphocholinePOPC1
60.045 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolaminePOPE1
70.01 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatePOPA1
試料濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 73000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 13.67 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4806

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択Blob Picker
2cryoSPARC3.3.2粒子像選択Template Picker
5cryoSPARC3.3.2CTF補正Patch CTF Estimation
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデルフィッティング
13cryoSPARC3.3.2分類Heterogeneous Refinement
14cryoSPARC3.3.2３次元再構成Non-uniform Refinement
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 700885
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288878 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 6V38

6v38


Accession code: 6V38 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00529884
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68540639
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.6694252
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0464644
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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