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万見
- PDB-8z3d: SFX structure of CraCRY 1 us after photoexcitation of the oxidize... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z3d
タイトルSFX structure of CraCRY 1 us after photoexcitation of the oxidized protein
要素Cryptochrome photoreceptor
キーワードFLAVOPROTEIN / photoreceptor / time-resolved crystallography / 1 us time-point
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maestre-Reyna, M. / Hosokawa, Y. / Wang, P.-H. / Saft, M. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Franz-Badur, S. / Ngura Putu, E.P.G. / Nakamura, M. / Wu, W.-J. ...Maestre-Reyna, M. / Hosokawa, Y. / Wang, P.-H. / Saft, M. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Franz-Badur, S. / Ngura Putu, E.P.G. / Nakamura, M. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Lee, C.-C. / Huang, W.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Yang, C.-H. / Lin, W.-T. / Yang, K.-C. / Ban, Y. / Imura, T. / Kazuoka, A. / Tanida, E. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Kiontke, S. / Korf, L. / Umena, Y. / Tosha, T. / Bessho, Y. / Nango, E. / Iwata, S. / Royant, A. / Tsai, M.-D. / Yamamoto, J. / Essen, L.-O.
資金援助 台湾, 日本, 8件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)AS-KPQ-109-TPP2 台湾
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP20H05442 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22H04751 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFR2057 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05776 日本
National Science Council (NSC, Taiwan)111-2113-M-002-029-MY3 台湾
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21J13329 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Capturing structural intermediates in an animal-like cryptochrome photoreceptor by time-resolved crystallography.
著者: Maestre-Reyna, M. / Hosokawa, Y. / Wang, P.H. / Saft, M. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Franz-Badur, S. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Nakamura, M. / Wu, W.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, ...著者: Maestre-Reyna, M. / Hosokawa, Y. / Wang, P.H. / Saft, M. / Caramello, N. / Engilberge, S. / Franz-Badur, S. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Nakamura, M. / Wu, W.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, W.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Yang, C.H. / Fong, M.I. / Lin, W.T. / Yang, K.C. / Ban, Y. / Imura, T. / Kazuoka, A. / Tanida, E. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Kang, J. / Luo, F. / Tono, K. / Kiontke, S. / Korf, L. / Umena, Y. / Tosha, T. / Bessho, Y. / Nango, E. / Iwata, S. / Royant, A. / Tsai, M.D. / Yamamoto, J. / Essen, L.O.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6283
ポリマ－57,8071
非ポリマー8212
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.840, 65.600, 153.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome photoreceptor


分子量: 57807.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: UVR3, CHLRE_06g278251v5, CHLREDRAFT_206002 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8J8W0
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5.6 (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→32.07 Å / Num. obs: 43294 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 275 % / Biso Wilson estimate: 11.26 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.76
反射 シェル解像度: 1.83→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 2113 / CC1/2: 0.515
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.77 µm2 / Pulse duration: 10 fsec. / Pulse photon energy: 10 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: grease / 解説: High viscosity injector / Filter size: 50 µm / Flow rate: 2.8 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Injector temperature: 293 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータ削減
pointlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FN3

6fn3


解像度: 2→30.58 Å / SU ML: 0.1853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.2907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 1105 3.12 %
Rwork0.1998 34352 -
obs0.2006 35457 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 54 223 4187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60265740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056743
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.70781530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.30851320.28244220X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.20.26111400.26284235X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.340.26971410.24544222X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.520.27011230.23844284X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.770.23951540.22784227X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.170.2361430.2114299X-RAY DIFFRACTION100
3.17-40.18131390.16434322X-RAY DIFFRACTION100
4-30.580.15111330.12364543X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5148943431410.0340455038284-0.1724960707120.7727714408250.148366539140.6959283687210.0174458281390.02602545659950.0533356879507-0.0137028005213-0.009257751492140.0150725700571-0.0531235351766-0.048219102624-0.02130790924450.04224837823340.00450697262014-0.01452367916150.05569417482250.007677299880640.043952306050719.6158931498.00091652408-15.6282094061
20.6495886740210.2081374435750.05343713334390.514336973610.0404583891120.3461202541760.001430879881380.0478461441794-0.044134427859-0.04118870632480.01004327570040.02903206100220.0258891698488-0.0222864780469-0.01218851182120.04189117226310.007948844357490.002983717304770.0426851678557-0.003428244447410.031117662443712.1400220471-18.0669217975-24.99595121
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 214 )3 - 2141 - 209
22chain 'A' and (resid 215 through 494 )215 - 494210 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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