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- PDB-8z39: Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z39
タイトルCrystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant L-T56A with metals
要素
  • Heavy chain of antibody 5E1
  • Light chain of antibody 5E1
  • Sonic hedgehog protein N-product
キーワードIMMUNE SYSTEM / Sonic hedgehog protein (SHH) / antibody / flexible/fluctuated epitope / affinity improvement
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation ...regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / ventral midline development / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / laminin-1 binding / lung epithelium development / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle cell proliferation / prostate gland development / intermediate filament organization / limb bud formation / stem cell development / embryonic skeletal system development / skeletal muscle fiber differentiation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / Activation of SMO / mesenchymal cell apoptotic process / patched binding / animal organ formation / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / lymphoid progenitor cell differentiation / dorsal/ventral neural tube patterning / self proteolysis / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / artery development / positive regulation of astrocyte differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative thymic T cell selection / pattern specification process / regulation of stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Release of Hh-Np from the secreting cell / lung-associated mesenchyme development / intein-mediated protein splicing / dopaminergic neuron differentiation / glycosaminoglycan binding / Formation of axial mesoderm / thalamus development / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / metanephric collecting duct development / positive thymic T cell selection / camera-type eye development / regulation of protein localization to nucleus / oligodendrocyte development
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Kaneda, I. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02082, JP18H05425, 16H02420, JP19H05766, JP19H05760, JP20H02531 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121033 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biophysical insights to improve affinity of antibodies to fluctuated epitope of antigen: A case of anti-Shh antibody 5E1 against Shh antigen.
著者: Kaneda, I. / Matsunaga, R. / Nagatoishi, S. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Tsumoto, K.
履歴
登録2024年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sonic hedgehog protein N-product
H: Heavy chain of antibody 5E1
L: Light chain of antibody 5E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7548
ポリマ－71,4773
非ポリマー2775
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.519, 70.005, 119.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-480-

HOH

21H-518-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sonic hedgehog protein N-product / ShhN / Shh N-terminal processed signaling domains / ShhNp


分子量: 19122.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15465

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of antibody 5E1


分子量: 26318.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of antibody 5E1


分子量: 26035.822 Da / 分子数: 1 / Mutation: T56A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 630分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM NaCl, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.65 Å / Num. obs: 70681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4192 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.403 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDS20180409データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 6.3 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20775 2817 4 %RANDOM
Rwork0.17992 ---
obs0.18107 67860 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å2-1.21 Å2
2---1.43 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 9 625 5121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.6466408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3791.5769874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg17.2795.249623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1623.304224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6515772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7511521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1031.762342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0971.7572340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8452.6312929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8462.632929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4031.9122356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4031.9132353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2962.7963457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.06721.9335340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92520.9625174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 208 -
Rwork0.29 4973 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45040.17220.72555.1696-0.03223.25530.0995-0.13080.06010.3709-0.12460.27040.2203-0.26410.02510.1639-0.0423-0.03210.0488-0.00930.04152.500614.863757.5834
21.5614-0.01751.171.1648-0.04472.7818-0.02550.03450.07120.1613-0.05740.0355-0.02830.16230.08290.0352-0.0245-0.00520.03260.01310.0113-7.625812.116618.4022
31.05260.1441.38090.45650.39442.03640.0949-0.07970.00620.0845-0.10490.09620.2216-0.19030.00990.0875-0.0771-0.02340.08810.01140.0447-20.341-1.665921.6242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3L0 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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