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- PDB-8yyz: Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yyz
タイトルCrystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant H-R102A in the absence of metals
要素
  • Heavy chain antibody 5E1 mutated
  • Light chain antibody 5E1
  • Sonic hedgehog protein N-product
キーワードIMMUNE SYSTEM / Sonic hedgehog protein (SHH) / antibody / flexible/fluctuated epitope / affinity improvement
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation ...regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / ventral midline development / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / laminin-1 binding / lung epithelium development / negative regulation of cholesterol efflux / salivary gland cavitation / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / prostate gland development / intermediate filament organization / cerebellar granule cell precursor proliferation / limb bud formation / embryonic skeletal system development / skeletal muscle fiber differentiation / lung lobe morphogenesis / Activation of SMO / mesenchymal cell apoptotic process / patched binding / animal organ formation / embryonic digestive tract morphogenesis / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / somite development / ectoderm development / neuron fate commitment / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / skeletal muscle cell proliferation / stem cell development / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / lymphoid progenitor cell differentiation / dorsal/ventral neural tube patterning / self proteolysis / smooth muscle tissue development / artery development / thalamus development / positive regulation of astrocyte differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative thymic T cell selection / pattern specification process / regulation of stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / oligodendrocyte development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Release of Hh-Np from the secreting cell / lung-associated mesenchyme development / dopaminergic neuron differentiation / intein-mediated protein splicing / glycosaminoglycan binding / Formation of axial mesoderm / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / camera-type eye development / metanephric collecting duct development / positive thymic T cell selection / positive regulation of smoothened signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Senoo, A. / Kaneda, I. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02082, JP18H05425, 16H02420, JP19H05766, JP19H05760, JP20H02531 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121033 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biophysical insights to improve affinity of antibodies to fluctuated epitope of antigen: A case of anti-Shh antibody 5E1 against Shh antigen.
著者: Kaneda, I. / Matsunaga, R. / Nagatoishi, S. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Tsumoto, K.
履歴
登録2024年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sonic hedgehog protein N-product
H: Heavy chain antibody 5E1 mutated
L: Light chain antibody 5E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,88711
ポリマ－71,3633
非ポリマー5238
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.510, 84.080, 126.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sonic hedgehog protein N-product / ShhN / Shh N-terminal processed signaling domains / ShhNp


分子量: 19122.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15465

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain antibody 5E1 mutated


分子量: 26232.139 Da / 分子数: 1 / Mutation: R102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain antibody 5E1


分子量: 26008.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 424分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.04 Å / Num. obs: 58004 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7699 / CC1/2: 0.851 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.196 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2422 4.182 %
Rwork0.1844 55499 -
all0.186 --
obs-57921 98.229 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.202 Å20 Å2-0 Å2
2--2.156 Å2-0 Å2
3----0.954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4483 0 13 416 4912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.8176297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.511.7579829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4175585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.221519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22910765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.58110200
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.23780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.22362
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1160.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3681.5512319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3681.5512319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2792.7762896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2792.7762897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7861.7582311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7861.7592312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9463.1163396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9463.1173397
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.48715.9945070
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.36814.9824972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.3131520.2583591X-RAY DIFFRACTION86.8647
1.949-2.0030.2381400.2323793X-RAY DIFFRACTION93.8439
2.003-2.060.2551570.2143813X-RAY DIFFRACTION96.9475
2.06-2.1240.2531750.1923701X-RAY DIFFRACTION98.626
2.124-2.1930.221380.1933717X-RAY DIFFRACTION99.7413
2.193-2.270.2341650.1913533X-RAY DIFFRACTION99.9189
2.27-2.3550.2391510.1893444X-RAY DIFFRACTION99.9166
2.355-2.4510.2131570.1733294X-RAY DIFFRACTION99.9421
2.451-2.560.2331470.1873195X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.6840.2391330.1823051X-RAY DIFFRACTION100
2.684-2.8290.2151380.1832905X-RAY DIFFRACTION99.9343
2.829-30.2241080.1662778X-RAY DIFFRACTION99.9307
3-3.2060.2261160.1812606X-RAY DIFFRACTION99.9633
3.206-3.4610.1971230.1772395X-RAY DIFFRACTION99.9603
3.461-3.7880.1871190.1852242X-RAY DIFFRACTION99.9154
3.788-4.2310.214920.1672043X-RAY DIFFRACTION100
4.231-4.8780.188580.1481832X-RAY DIFFRACTION99.8943
4.878-5.9540.249760.181559X-RAY DIFFRACTION99.8778
5.954-8.3370.226460.2241245X-RAY DIFFRACTION99.7682
8.337-42.040.227310.198762X-RAY DIFFRACTION99.8741
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0919-0.21910.01032.1337-0.67572.03660.02830.0962-0.3089-0.1607-0.02060.10880.1587-0.0099-0.00760.02920.0136-0.00030.01760.00080.0328-1.3108-23.87120.0093
21.0661-0.2325-0.27690.95971.06143.7465-0.0302-0.015-0.138-0.0816-0.10350.0739-0.0756-0.15440.13370.08110.013-0.00910.01740.01460.10940.5194-14.5314-39.3569
30.3530.0231-0.26150.24220.8163.1635-0.09170.0074-0.1244-0.01990.0107-0.00570.12250.08560.08110.1510.05370.01480.08180.01340.119514.4167-27.0231-42.4046
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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