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- PDB-8yyj: RNase J2 mutant H80A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yyj
タイトルRNase J2 mutant H80A
要素Ribonuclease J 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease / RNase J2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...: / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease J 2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Singh, A.K. / Chinnasamy, K. / Gopal, B.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)FA/DSTO-17-0001.03 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SP/DSTO-16-1668.03 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SP/SERB-23-0307.26 インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A physicochemical rationale for the varied catalytic efficiency in RNase J paralogues.
著者: Singh, A.K. / Chinnasamy, K. / Pahelkar, N.R. / Gopal, B.
履歴
登録2024年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J 2
B: Ribonuclease J 2
C: Ribonuclease J 2
D: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,4698
ポリマ－257,2494
非ポリマー2204
水1448
1
A: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3672
ポリマ－64,3121
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3672
ポリマ－64,3121
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3672
ポリマ－64,3121
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribonuclease J 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3672
ポリマ－64,3121
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.890, 131.910, 116.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease J 2 / RNase J2


分子量: 64312.258 Da / 分子数: 4 / 変異: H80A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rnj2, SERP0842 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HPR6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.6
詳細: 100mM tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 20% Isopropanol, 40% Formamide
PH範囲: 5.6-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→66 Å / Num. obs: 35724 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5223 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.783 / SU B: 27.342 / SU ML: 0.484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.589 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2998 1738 4.894 %
Rwork0.2473 33772 -
all0.25 --
obs-35510 90.589 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.353 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.634 Å2-0 Å2-0.411 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.658 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13096 0 4 8 13108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01213356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01612189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.62518104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.391.54828195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.71451751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.1711038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.329102148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.33410533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.22102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22645
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.211890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.26579
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.26852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3020.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7344.2547022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7344.2547022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5816.3738767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5816.3738768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3734.1976334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3734.1976335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9856.2649337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9856.2649338
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.19978.37654601
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.19978.3854599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.0780.3531170.3032523X-RAY DIFFRACTION91.6667
3.078-3.1620.4121110.2992465X-RAY DIFFRACTION93.03
3.162-3.2530.3361320.2812447X-RAY DIFFRACTION93.3068
3.253-3.3530.3621240.2672357X-RAY DIFFRACTION94.2987
3.353-3.4630.2681040.2611810X-RAY DIFFRACTION73.7857
3.463-3.5840.3631030.2782120X-RAY DIFFRACTION89.0625
3.584-3.7190.571770.5031467X-RAY DIFFRACTION64.5485
3.719-3.870.3191040.2922112X-RAY DIFFRACTION95.0665
3.87-4.0420.258980.2581519X-RAY DIFFRACTION73.2005
4.042-4.2380.2411160.2061944X-RAY DIFFRACTION96.759
4.238-4.4670.2541000.2051856X-RAY DIFFRACTION97.1684
4.467-4.7360.203860.1771791X-RAY DIFFRACTION97.3043
4.736-5.0610.222620.1771702X-RAY DIFFRACTION97.1901
5.061-5.4640.275960.1961545X-RAY DIFFRACTION97.6205
5.464-5.9820.242710.2171430X-RAY DIFFRACTION97.5943
5.982-6.6810.364510.251326X-RAY DIFFRACTION98.0769
6.681-7.7010.271590.2131154X-RAY DIFFRACTION97.8226
7.701-9.40.208530.1571000X-RAY DIFFRACTION98.2276
9.4-13.1610.251380.172777X-RAY DIFFRACTION98.1928
13.161-660.483360.432427X-RAY DIFFRACTION96.4583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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