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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yyk | ||||||||||||
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タイトル | Structure of RNase J2 wild type at room temperature | ||||||||||||
![]() | Ribonuclease J 2 | ||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease / RNase J2 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Singh, A.K. / Chinnasamy, K. / Gopal, B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A physicochemical rationale for the varied catalytic efficiency in RNase J paralogues. 著者: Singh, A.K. / Chinnasamy, K. / Pahelkar, N.R. / Gopal, B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 351.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 268.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64379.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rnj2, SERP0842 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5HPR6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-MN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 5.6 詳細: 100mM tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 20% Isopropanol, 40% Formamide PH範囲: 5.6-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K Ambient temp details: Data collected using capillary at non-cryogenic temperature Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→58.6 Å / Num. obs: 29972 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.92 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4411 / CC1/2: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.488 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→58.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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