PDB-8yxn: X-ray structure of Clostridium perfringens autolysin catalytic do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yxn

タイトル

X-ray structure of Clostridium perfringens autolysin catalytic domain in the P1 form

要素

Cell surface protein

キーワード

HYDROLASE / Clostridium perfringens / autolysin

機能・相同性

機能・相同性情報

amidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: X-ray structure and mutagenesis analyses of Clostridioides difficile endolysin Ecd09610 glucosaminidase domain.
著者: Sekiya, H. / Nonaka, Y. / Kamitori, S. / Miyaji, T. / Tamai, E.

履歴

登録	2024年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yxn.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yxn.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yxn_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yxn_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	8yxn_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	8yxn_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yxkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell surface protein

B: Cell surface protein

61.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cell surface protein

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell surface protein

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.130, 47.520, 64.310
Angle α, β, γ (deg.)	94.790, 89.916, 96.290
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cell surface protein 分子量: 30576.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: CYK96_10485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z3TZM8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% (w/v) PEG 3000, 100mM CHES/ sodium hydroxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→36.53 Å / Num. obs: 56867 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 4154 / CC_1/2: 0.809

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→36.503 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.169 / SU B: 1.797 / SU ML: 0.063 / Average fsc free: 0.936 / Average fsc work: 0.9418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	2811	4.943 %
R_work	0.1629	54056	-
all	0.165	-	-
obs	-	56867	98.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.016 Å²	0.001 Å²	0.004 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0.012 Å²
3-	-	-	0.022 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4076	0	0	408	4484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	1.641	5741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.476	1.578	9017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.192	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.688	23.243	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.114	15	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.901	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.089	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.898	1.893	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.88	1.89	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.856	2.831	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.859	2.831	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	2.076	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.323	2.076	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.56	3.022	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.561	3.022	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.389	22.493	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.262	22.136	4897

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.231	161	0.224	3980	0.224	4277	0.89	0.89	96.8202	0.191
1.641-1.686	0.213	170	0.201	3925	0.201	4194	0.916	0.92	97.6395	0.171
1.686-1.735	0.222	200	0.197	3666	0.199	3954	0.914	0.915	97.7744	0.172
1.735-1.788	0.225	199	0.191	3655	0.193	3918	0.917	0.92	98.3665	0.169
1.788-1.847	0.224	181	0.177	3568	0.179	3802	0.923	0.937	98.606	0.159
1.847-1.912	0.222	192	0.171	3396	0.174	3635	0.928	0.943	98.707	0.158
1.912-1.984	0.194	198	0.165	3327	0.167	3563	0.942	0.946	98.9335	0.156
1.984-2.064	0.196	170	0.159	3236	0.161	3425	0.942	0.953	99.4453	0.153
2.064-2.156	0.175	150	0.15	3074	0.151	3245	0.954	0.96	99.3529	0.149
2.156-2.261	0.197	156	0.148	2935	0.15	3111	0.945	0.958	99.3571	0.152
2.261-2.382	0.184	153	0.145	2811	0.147	2979	0.95	0.959	99.4965	0.153
2.382-2.526	0.188	124	0.146	2658	0.148	2791	0.953	0.961	99.6775	0.156
2.526-2.7	0.192	132	0.145	2497	0.148	2629	0.954	0.964	100	0.157
2.7-2.915	0.187	110	0.154	2342	0.155	2455	0.955	0.956	99.8778	0.169
2.915-3.191	0.202	126	0.166	2149	0.168	2278	0.937	0.948	99.8683	0.188
3.191-3.564	0.201	114	0.156	1916	0.158	2037	0.951	0.959	99.6564	0.175
3.564-4.109	0.191	114	0.147	1701	0.15	1817	0.957	0.966	99.8899	0.172
4.109-5.016	0.162	81	0.153	1427	0.154	1508	0.967	0.964	100	0.185
5.016-7.028	0.222	44	0.186	1164	0.188	1208	0.944	0.949	100	0.223
7.028-36.503	0.206	36	0.19	629	0.191	667	0.957	0.954	99.7001	0.287

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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