[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8yxn: X-ray structure of Clostridium perfringens autolysin catalytic do... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8yxn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-ray structure of Clostridium perfringens autolysin catalytic domain in the P1 form | ||||||
Components | Cell surface proteinCell membrane | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Clostridium perfringens / autolysin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium perfringens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Kamitori, S. / Tamai, E. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2024 Title: X-ray structure and mutagenesis analyses of Clostridioides difficile endolysin Ecd09610 glucosaminidase domain. Authors: Sekiya, H. / Nonaka, Y. / Kamitori, S. / Miyaji, T. / Tamai, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8yxn.cif.gz | 127.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8yxn.ent.gz | 93.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8yxn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxn | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8yxkC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30576.330 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium perfringens (bacteria) / Gene: CYK96_10485 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2Z3TZM8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.07 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10% (w/v) PEG 3000, 100mM CHES/ sodium hydroxide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS VII / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→36.53 Å / Num. obs: 56867 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 4154 / CC1/2: 0.809 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→36.503 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.169 / SU B: 1.797 / SU ML: 0.063 / Average fsc free: 0.936 / Average fsc work: 0.9418 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.429 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→36.503 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|