PDB-8yxk: X-ray structure of Clostridioides difficile endolysin Ecd09610 gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yxk

タイトル

X-ray structure of Clostridioides difficile endolysin Ecd09610 glucosaminidase domain.

要素

Phage cell wall hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Clostridioides difficile / endolysin

機能・相同性

Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / amidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Phage cell wall hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: X-ray structure and mutagenesis analyses of Clostridioides difficile endolysin Ecd09610 glucosaminidase domain.
著者: Sekiya, H. / Nonaka, Y. / Kamitori, S. / Miyaji, T. / Tamai, E.

履歴

登録	2024年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yxk.cif.gz	75.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yxk.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yxk_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yxk_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	8yxk_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	8yxk_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phage cell wall hydrolase

B: Phage cell wall hydrolase

44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phage cell wall hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phage cell wall hydrolase

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.430, 80.470, 48.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.117, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phage cell wall hydrolase / Phage tail protein 分子量: 22397.062 Da / 分子数: 2 / 断片: glucosaminidase domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア) 遺伝子: CD630_09610, CD630_29030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q183Y3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 200mM sodium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→19.322 Å / Num. obs: 29563 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.87→1.92 Å / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→19.322 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 4.573 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2868	1501	5.077 %
R_work	0.2472	28062	-
all	0.249	-	-
obs	-	29563	98.497 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.628 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.133 Å²	0 Å²	0.029 Å²
2-	-	0.036 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.072 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.322 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	0	80	2406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.637	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	1.598	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.549	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.546	24.386	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.998	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.096	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.061	2.08	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.054	2.077	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.908	3.108	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.909	3.112	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.783	2.415	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.783	2.42	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.231	3.48	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.23	3.484	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.317	24.69	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.314	24.699	2709

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.919	0.392	113	0.365	2038	X-RAY DIFFRACTION	97.7283
1.919-1.971	0.346	88	0.346	1984	X-RAY DIFFRACTION	97.0492
1.971-2.028	0.328	105	0.289	1950	X-RAY DIFFRACTION	97.532
2.028-2.09	0.341	103	0.268	1900	X-RAY DIFFRACTION	98.7673
2.09-2.159	0.308	86	0.246	1810	X-RAY DIFFRACTION	97.7824
2.159-2.234	0.388	95	0.272	1803	X-RAY DIFFRACTION	97.8351
2.234-2.318	0.331	90	0.305	1730	X-RAY DIFFRACTION	98.2191
2.318-2.413	0.264	76	0.227	1684	X-RAY DIFFRACTION	98.9876
2.413-2.52	0.323	91	0.234	1567	X-RAY DIFFRACTION	98.6905
2.52-2.643	0.273	82	0.228	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.3876
2.643-2.785	0.3	82	0.226	1439	X-RAY DIFFRACTION	98.959
2.785-2.953	0.278	78	0.24	1402	X-RAY DIFFRACTION	99.5962
2.953-3.156	0.281	69	0.243	1300	X-RAY DIFFRACTION	99.4913
3.156-3.408	0.297	87	0.253	1193	X-RAY DIFFRACTION	99.5334
3.408-3.731	0.277	51	0.248	1144	X-RAY DIFFRACTION	99.2525
3.731-4.168	0.264	47	0.214	1002	X-RAY DIFFRACTION	99.7148
4.168-4.807	0.197	61	0.18	902	X-RAY DIFFRACTION	99.5863
4.807-5.872	0.245	47	0.227	756	X-RAY DIFFRACTION	99.3812
5.872-8.241	0.179	37	0.227	591	X-RAY DIFFRACTION	99.3671
8.241-19.322	0.341	13	0.207	326	X-RAY DIFFRACTION	91.3747

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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