PDB-8yx9: CD40 in complex with Dacetuzumab Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yx9

タイトル

CD40 in complex with Dacetuzumab Fab

要素

Dacetuzumab, Heavy chain
Dacetuzumab, light chain
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CD40 / Dacetuzumab / Bleselumab / agonist activity / tumor necrosis factor

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05090, 20H03228, 19H05766, 20H02531	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20mk0101170, JP223fa627001, JP223fa727002	日本

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structures of human CD40 in complex with monoclonal antibodies dacetuzumab and bleselumab.
著者: Asano, R. / Nakakido, M. / Perez, J.F. / Ise, T. / Caaveiro, J.M.M. / Nagata, S. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2024年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yx9.cif.gz	440.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yx9.ent.gz	347.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yx9_validation.pdf.gz	535.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yx9_full_validation.pdf.gz	555.2 KB	表示
XML形式データ	8yx9_validation.xml.gz	73.2 KB	表示
CIF形式データ	8yx9_validation.cif.gz	99.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/8yx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yx1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (5)

登録構造単位

H: Dacetuzumab, Heavy chain

L: Dacetuzumab, light chain

B: Dacetuzumab, Heavy chain

C: Dacetuzumab, light chain

E: Dacetuzumab, Heavy chain

F: Dacetuzumab, light chain

G: Dacetuzumab, Heavy chain

I: Dacetuzumab, light chain

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

ヘテロ分子

272 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Dacetuzumab, Heavy chain

L: Dacetuzumab, light chain

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
68.1 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Dacetuzumab, Heavy chain

C: Dacetuzumab, light chain

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.1 kDa, 3 ポリマー
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3

E: Dacetuzumab, Heavy chain

F: Dacetuzumab, light chain

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.1 kDa, 3 ポリマー
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4

G: Dacetuzumab, Heavy chain

I: Dacetuzumab, light chain

K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.194, 208.172, 198.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: 抗体	Dacetuzumab, Heavy chain 分子量: 23858.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Antibody / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Dacetuzumab, light chain 分子量: 24025.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Antibody / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40 分子量: 20016.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.46 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.8 Å / Num. obs: 101033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4996 / CC_1/2: 0.813 / R_pim(I) all: 0.375 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	20220120	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→49.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 13.346 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.313 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2617	4995	4.946 %
R_work	0.209	96004	-
all	0.212	-	-
obs	-	100999	99.974 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.065 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.423 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.359 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16768	0	42	58	16868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	17264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	15549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.808	23488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.475	1.739	36072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.866	5	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.196	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.748	10	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.796	10	703
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.054	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	20171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	14137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	8213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	9130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.112	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.769	6.719	8783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.767	6.719	8783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.383	12.056	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.383	12.056	10948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.494	6.898	8481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.493	6.898	8482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.048	12.587	12538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.048	12.587	12539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.786	62.72	17851
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.785	62.72	17852

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.362	404	0.329	7025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-2.951	0.36	380	0.322	6806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.036	0.357	360	0.288	6612	X-RAY DIFFRACTION	99.9857
3.036-3.129	0.33	335	0.264	6499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.231	0.288	306	0.251	6269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.231-3.344	0.292	285	0.244	6137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.344-3.47	0.291	287	0.241	5862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.611	0.291	306	0.243	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.611-3.771	0.265	275	0.224	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.771-3.954	0.257	287	0.2	5183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.954-4.166	0.226	244	0.191	4968	X-RAY DIFFRACTION	100
4.166-4.417	0.218	237	0.163	4676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.417-4.719	0.197	221	0.144	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
4.719-5.093	0.192	213	0.142	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
5.093-5.574	0.206	208	0.152	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
5.574-6.222	0.271	177	0.186	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
6.222-7.166	0.294	175	0.199	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
7.166-8.731	0.219	129	0.18	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
8.731-12.163	0.222	111	0.179	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
12.163-49.8	0.366	55	0.309	1275	X-RAY DIFFRACTION	99.9249

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関連情報:EMDBヘッダ

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