PDB-8yuf: Crystal structure of HEPN (Q64A) toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yuf

タイトル

Crystal structure of HEPN (Q64A) toxin

要素

Nucleotidyltransferase

キーワード

TOXIN / HEPN-MNT module

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional study of HEPN-MNT module from Legionella pneumophila
著者: Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J.

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yuf.cif.gz	211 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yuf.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yuf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8yuf_validation.pdf.gz	850.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8yuf_full_validation.pdf.gz	850.7 KB	表示
XML形式データ	8yuf_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	8yuf_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/8yuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/8yuf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xdjC 8xehC 8xemC 8xeoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotidyltransferase

B: Nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.774, 43.772, 163.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Nucleotidyltransferase 分子量: 16242.289 Da / 分子数: 2 / 変異: Q64A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_14745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA45B366
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Lithium acetate dehydrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.02 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→43.77 Å / Num. obs: 67303 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 4.06 % / B_iso Wilson estimate: 21.12 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.59→1.69 Å / Num. unique obs: 8590 / CC_1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→42.28 Å / SU ML: 0.1816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.1894
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	3720	5.53 %
R_work	0.1879	63510	-
obs	0.1893	67230	83.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2198	0	1	306	2505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0108	2244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8434	3021
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4856	823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.2909	111	0.2565	1729	X-RAY DIFFRACTION	60.43
1.61-1.64	0.2578	106	0.2217	1874	X-RAY DIFFRACTION	65.69
1.64-1.66	0.2763	110	0.2234	1947	X-RAY DIFFRACTION	68.84
1.66-1.68	0.292	107	0.1851	1874	X-RAY DIFFRACTION	65.68
1.68-1.71	0.2186	117	0.2067	1907	X-RAY DIFFRACTION	68.49
1.71-1.73	0.2531	118	0.1916	1927	X-RAY DIFFRACTION	68.69
1.73-1.76	0.2084	116	0.1859	1949	X-RAY DIFFRACTION	67.82
1.76-1.79	0.1894	127	0.1845	1951	X-RAY DIFFRACTION	71.24
1.79-1.82	0.2417	118	0.1976	2020	X-RAY DIFFRACTION	69.6
1.82-1.86	0.224	115	0.2036	2118	X-RAY DIFFRACTION	75.57
1.86-1.9	0.2506	115	0.212	2206	X-RAY DIFFRACTION	76
1.9-1.94	0.2577	141	0.2047	2150	X-RAY DIFFRACTION	78.24
1.94-1.98	0.2915	135	0.2	2351	X-RAY DIFFRACTION	81.8
1.98-2.03	0.287	135	0.1933	2351	X-RAY DIFFRACTION	84.19
2.03-2.09	0.1876	138	0.1943	2462	X-RAY DIFFRACTION	85.84
2.09-2.15	0.1879	141	0.183	2488	X-RAY DIFFRACTION	88.97
2.15-2.22	0.2256	158	0.1761	2580	X-RAY DIFFRACTION	89.92
2.22-2.3	0.2187	157	0.1857	2604	X-RAY DIFFRACTION	91.51
2.3-2.39	0.168	154	0.1945	2669	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.39-2.5	0.2565	151	0.1847	2753	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.5-2.63	0.268	164	0.1953	2771	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.63-2.8	0.2139	170	0.2006	2806	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.8-3.01	0.2471	145	0.1953	2779	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.01-3.31	0.2194	175	0.1857	2755	X-RAY DIFFRACTION	97.67
3.32-3.79	0.1978	157	0.1809	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.79-4.78	0.1606	163	0.1676	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.78-42.28	0.1947	176	0.1856	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.89348812029 Å / Origin y: -8.13212243558 Å / Origin z: -20.4590308902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.104470940278 Å²	0.00174547729774 Å²	-0.029642077444 Å²	-	0.124435601005 Å²	0.0237938152834 Å²	-	-	0.140675017529 Å²
L	0.881586698674 °²	-0.164406970287 °²	0.196888055164 °²	-	0.945458739993 °²	-0.200143885187 °²	-	-	1.01453625254 °²
S	0.0176104460745 Å °	-0.0232319955539 Å °	-0.0170265179569 Å °	-0.0158659073262 Å °	0.0171172265737 Å °	0.0497797446202 Å °	0.0418116864259 Å °	-0.0569820126974 Å °	-0.0315693551781 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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