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- PDB-8xdj: Crystal structure of AMPylated HEPN toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xdj
タイトルCrystal structure of AMPylated HEPN toxin
要素HEPN toxin
キーワードTOXIN / ribonuclease
機能・相同性ADENOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A5A2024425 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1F1A1050961 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional study of HEPN-MNT module from Legionella pneumophila
著者: Jin, C. / Jeon, C. / Kim, D.H. / Lee, B.J.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPN toxin
B: HEPN toxin
C: HEPN toxin
D: HEPN toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,63510
ポリマ－65,1974
非ポリマー1,4376
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.199, 53.296, 88.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
HEPN toxin


分子量: 16299.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5 and 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 67341 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 24.04 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 35.39
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 3325 / CC1/2: 0.662

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc4_4418精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→29.01 Å / SU ML: 0.1987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.224
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1997 2.97 %
Rwork0.1759 65204 -
obs0.1768 67201 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4341 0 90 380 4811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01044526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10996101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0657645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7154598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.36421220.27513986X-RAY DIFFRACTION84.89
1.69-1.740.27991420.25494687X-RAY DIFFRACTION99.51
1.74-1.790.28741440.22824672X-RAY DIFFRACTION99.77
1.79-1.840.24821450.21194724X-RAY DIFFRACTION99.75
1.84-1.910.22941430.19554690X-RAY DIFFRACTION99.88
1.91-1.990.24361440.18514684X-RAY DIFFRACTION99.92
1.99-2.080.21991450.18014727X-RAY DIFFRACTION99.88
2.08-2.190.22111450.174720X-RAY DIFFRACTION99.92
2.19-2.320.18511450.16784705X-RAY DIFFRACTION99.81
2.32-2.50.20921440.17134714X-RAY DIFFRACTION99.63
2.5-2.760.22571440.18524727X-RAY DIFFRACTION99.55
2.76-3.150.23391450.17944729X-RAY DIFFRACTION99.67
3.15-3.970.16691450.15454753X-RAY DIFFRACTION99.65
3.97-29.010.17271440.16754686X-RAY DIFFRACTION95.99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.6076949432 Å / Origin y: 14.5894898825 Å / Origin z: 19.9247963448 Å
111213212223313233
T0.202013738668 Å20.00592858967774 Å20.0363887426669 Å2-0.173554111609 Å2-0.0177385229601 Å2--0.16287849139 Å2
L1.43297026084 °20.267346622724 °2-0.106874907748 °2-0.289118777806 °2-0.0642094362009 °2--0.273626377677 °2
S-0.0184220593433 Å °-0.0477863018108 Å °-0.0846060043451 Å °-0.0186938657263 Å °0.018100557253 Å °-0.0393648839269 Å °0.018755025121 Å °0.0126828413301 Å °-0.000819459906977 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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